R命令行將參數傳遞給腳本（Windows）

我很難將一個文件名傳遞給我的R腳本。該文件是一個csv文件，其中包含用於腳本多次運行的批處理參數。我試圖在這裏包含它，以便用戶不需要編輯R腳本來指定該文件的位置。R命令行將參數傳遞給腳本（Windows）

我的Windows命令行語法是：

R CMD BATCH --slave "--args fn=batch.csv" myscript.r output.txt

我得到在我的[R腳本檢索此最接近的是這樣做的：

eval(parse(file=commandArgs()[8]))) 
batch_args = read.table(fn, sep=",")

我已經試驗了commandArgs(trailingOnly=TRUE)和parse(text=commandArgs()[8])等沒有運氣。我所見過的大多數文檔都不適用於傳遞文件名。任何人都可以想出解決方案嗎？

來源

2011-01-26 Benjamin

我會建議使用的`Rscript`代替的r CMD BATCH`。你使用什麼版本的R？ – 2011-01-26 18:29:06

使用R 2.12.0。我可以使用相同的語法使用Rscript？ – Benjamin 2011-01-26 18:30:28

不，語法不同。比較`？Rscript`和`？BATCH`。 – 2011-01-26 18:31:43

正如我在我的評論說，我會用Rscript代替R CMD BATCH：

Rscript myscript.R batch.csv

其中myscript.R包含：

args <- commandArgs(TRUE) 
batch_args <- read.table(args[1], sep=",") 
# loop over multiple runs

來源

2011-01-26 18:44:57

你是什麼意思'沒有運氣'？文件名在那裏，在commandArgs（）函數中，你只需要弄清楚如何解決問題。代碼和錯誤消息很方便。

如果唯一的額外參數是文件名，那麼這不是問題，您知道它的位置。當你開始傳遞更復雜的論證時，會讓你困惑的是什麼。

你也通過傳遞'fn = foo.csv'使事情複雜化。只需傳遞文件名並將其分配給腳本中的fn即可。如果你真的想使用eval你可能需要引用您的文件名，從而myscript.r是：

ca = commandArgs(trailingOnly=TRUE) 
eval(parse(text=ca)) 
print(read.csv(fn))

，因此運行：

R --slave "--args fn='batch.csv'" < myscript.r 
    A B C 
    1 1 2 3 
    2 6 8 3

凡batch.csv是一個簡單的CSV文件。

您可以在腳本中對「ca」進行循環並評估所有內容。儘管這很危險，因爲你很容易破壞基本的功能。

就我個人而言，我會遍歷ca，爲已知的一組名稱查找name = value對，並設置它們。基本上實現getopt的，但有人可能做到這一點已經...

來源

2011-01-26 18:29:51 Spacedman

幾乎可以工作，但在嘗試執行read.table時會中斷，因爲「batch.csv」不會被識別爲正確的文件名，而會被識別爲字符串。我雖然給它的完整路徑可能會有幫助，但隨後因空間而斷裂。目前，我從所有文件所在的目錄（.r，.txt和.csv）運行它。 – Benjamin 2011-01-26 18:41:27

除了使用Rscript（如Josh說的），您還應該使用CRAN軟件包getopt或optparse，因爲它們是爲了這個目的而編寫的。

來源

2011-01-26 20:37:46

嘗試

fn="batch.csv"; R CMD BATCH --slave "--args $fn" myscript.r output.txt

來源

2013-01-07 19:06:13 WCC

R命令行將參數傳遞給腳本（Windows）

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