將SLURM批處理命令行參數傳遞給R

我試圖運行帶有各種參數的SLURM sbatch命令，這些參數可以在R腳本中讀取。當使用PBS系統時，我曾經寫過qsub -v param1=x,param2=y（+其他系統參數，如內存要求等，以及由PBS讀取的腳本名稱），然後在R腳本中用x = Sys.getenv(‘param1’)讀取它。將SLURM批處理命令行參數傳遞給R

現在我試圖

sbatch run.sh --export=basePath=‘a’

隨着run.sh：

#!/bin/bash 

cd $SLURM_SUBMIT_DIR 
echo $PWD 

module load R/common/3.3.3 

R CMD BATCH --quiet --no-restore --no-save runDo.R output.txt

而且runDo.R：

base.path = Sys.getenv('basePath') 

print(base.path)

腳本正在運行，但參數值不分配給base.path變量（它打印一個空字符串）。

來源

2017-08-09 Assaf b

我只知道關於R所以請原諒我，如果它是不相關的，但如果你得到腳本的輸出，你可以試試'cat'而不是' print'作爲'print'的輸出將以'「[1]」開始，並且將在路徑中保留轉義字符（'「\\」'爲'「\」'）。 –

export參數必須傳遞給sbatch而不是run.sh腳本。

它應該是這樣的：

sbatch --export=basePath=‘a’ run.sh

來源

2017-08-09 18:46:47

將SLURM批處理命令行參數傳遞給R

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