在循環中命名awk輸出

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我對shell腳本的世界比較陌生，因此希望這不會太困難。我有一個文件（dirlist）與目錄列表。我想與路徑的每個文件在循環中命名awk輸出

貓「dirlist」使用的程序調用samtools從dirlist
用awk修改文件子集上一個變量chr17的samtools輸出
輸出寫入到使用該目錄的第8場一個文件，從「dirlist」命名
在dirlist中列出的所有文件，這樣做

我想我在這裏有所有的作品。項目1-3工作正常，但循環只是命名文件「回聲」。

for i in `cat dirlist`; do samtools depth $i | awk '$1 == "chr17" {print $0}' echo $i | awk -F'[/]' '{print $8}'; done

任何幫助，將不勝感激

來源

2017-02-28 Stephen Williams

[不要讀與行' for']（http://mywiki.wooledge.org/DontReadLinesWithFor）。相反，請參閱[BashFAQ＃1]（http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001）以獲取相關最佳做法。 –

我強烈建議通過http://shellcheck.net/運行你的代碼並修復它發現的內容。即使沒有滾動查看完整的代碼，也可以看到一些明顯的引用錯誤。 –

一般來說，如果awk能夠只處理一個awk處理副本，那麼使用awk比bash內置功能要好得多* awk在運行時比bash快得多，效率更高，但像每一個外部過程都需要時間來旋轉起來。當你開始運行一大堆小程序時，事情會變得混亂。 –

我認爲這是你想要做

... | awk -v f="$i" 'BEGIN{split(f,fs,"/")} $1=="chr17" {print > fs[8]}'

最終的文件名會由拆分原始文件名會產生什麼「/」和只使用第八段。有點不尋常，也許需要一些錯誤處理。

沒有測試，概不退換......

來源

2017-02-28 20:26:02 karakfa

工作得很好 –

一個土生土長的bash實現（只是一個過程，而不是開始爲每一個文件的awk）如下：

while IFS= read -r filename; do 
    while IFS= read -r line; do 
    if [[ $line = "chr17"[[:space:]]* ]]; then 
     IFS=/ read -r -a pieces <<<"$filename" 
     printf '%s\n' "${pieces[7]}" 
    fi 
    done < <(samtools depth "$filename") 
done <dirlist

來源

2017-02-28 20:32:59

它確實厭倦了糾正使用'for'循環來讀取Bash中的行。感謝你如此不知疲倦。 – dawg

在循環中命名awk輸出

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