在循環中運行命令時更改輸出文件名稱

Question

我正在使用Tracer軟件包（https://github.com/Teichlab/tracer）。 程序調用如下：

tracer assemble [options] <file_1> [<file_2>] <cell_name> <output_directory>

該方案在單個數據集上運行，輸出去/<output_directory>/<cell_name>

我想現在做的是運行多個文件上這個節目。要做到這一點，這是我做的：

for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq 
do 
echo "Processing $filename file..." 
python tracer assemble --single_end --fragment_length 62 --fragment_sd 1 $filename Tcell_test output; 
done 

這個工作在priciple，但cell_name是靜態的，每次迭代將覆蓋前一次迭代的輸出。我如何需要更改我的腳本以便爲輸出文件夾提供輸入文件的名稱？

例如：輸入文件名是tcell1.fastq。對於這個cell_name應該是tcell1。接下來的文件是tcell2.fastq和CELL_NAME應tcell2，等等...

Answer 1

我認爲這會做，在bash，如果我理解正確的話 -

for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq 
do 
    echo "Processing $filename file..." 
    basefilename="${filename##*/}" #<--- 
    python tracer assemble --single_end --fragment_length 62 --fragment_sd 1 "$filename" "${basefilename%.fastq}" output; 
    #                     ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
done 

${filename##*/}刪除部分向上到最後的/和${basefilename%.fastq}最後刪除.fastq。

Answer 2

從我瞭解你使用的庫輸出寫入到預定義（不可配置）目錄

讓我們稱之爲output_dir。 在每次迭代中，您應該重命名輸出目錄。

所以，你的代碼應該是這樣的（僞代碼）

for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq 
    do 
    echo "Processing $filename file..." 
    python tracer assemble --single_end --fragment_length 62 --fragment_sd 1 $filename Tcell_test output; 
    rename output_dir , each_file + "_output_dir" 
    done