clusplot - 顯示變量

Question

我想添加到一個clusplot作爲箭頭繪製用於pca的變量。我不確定一種方法已經實現（我在文檔中找不到任何東西）。

我已經產生了clusplot看起來像這樣：

隨着包princomp我可以獨立地繪製的意見中表示的類似的空間，與變量（列）爲箭頭：

有沒有辦法做到在同一時間的兩件事情，通過展示集羣和PCA對SAM變量電子圖？

Answer 1

我想和今天的OP一樣，最後把clusplot和biplot放在一起。這是，如果你想要做同樣的事情，這可能是有用的結果：

clusplot2 <- function(dat, clustering, ...) { 
    clusplot(dat, clustering, ...) 

    ## this is from clusplot.default 
    pca <- princomp(dat, scores = TRUE, cor = (ncol(dat) != 2)) 

    ## this is (adapted) from biplot.princomp 
    directions <- t(t(pca$loadings[, 1:2]) * pca$sdev[1:2]) * sqrt(pca$n.obs) 

    ## all below is (adapted) from biplot.default 
    unsigned.range <- function(x) c(-abs(min(x, na.rm = TRUE)), 
            abs(max(x, na.rm = TRUE))) 
    x <- predict(pca)[, 1:2] 
    y <- directions 
    rangx1 <- unsigned.range(x[, 1L]) 
    rangx2 <- unsigned.range(x[, 2L]) 
    rangy1 <- unsigned.range(y[, 1L]) 
    rangy2 <- unsigned.range(y[, 2L]) 
    xlim <- ylim <- rangx1 <- rangx2 <- range(rangx1, rangx2) 
    ratio <- max(rangy1/rangx1, rangy2/rangx2) 
    par(new = T) 
    col <- par("col") 
    if (!is.numeric(col)) 
     col <- match(col, palette(), nomatch = 1L) 
    col <- c(col, col + 1L) 
    cex <- rep(par("cex"), 2) 
    plot(y, axes = FALSE, type = "n", xlim = xlim * ratio, ylim = ylim * 
      ratio, xlab = "", ylab = "", col = col[1L]) 
    axis(3, col = col[2L]) 
    axis(4, col = col[2L]) 
    box(col = col[1L]) 
    text(y, labels = names(dat), cex = cex[2L], col = col[2L]) 
    arrows(0, 0, y[, 1L] * 0.8, y[, 2L] * 0.8, col = col[2L], 
      length = 0.1) 
} 

############################################################ 

library(cluster) 

dat <- iris[, 1:4] 

clus <- pam(dat, k = 3) 
clusplot2(dat, clus$clustering, main = "Test") 

當然有很大的提升空間（因爲這只是一起復制），但我想任何人都可以很容易地適應它，如果需要的。

如果你想知道爲什麼箭頭（加載* sdev）與0.8 * sqrt（n）成比例：我完全不知道。我會繪製加載* sdev這應該類似於主要組件和變量之間的相關性，但這是如何biplot它。

無論如何，這應該產生與biplot.princomp相同的箭頭，並使用與我的主要目標相同的pca作爲clusplot。