從文本文件中刪除字符串

Question

我有帶有核苷酸文本字符串的文件（A,C,G,T）。我想從文本文件中找到特定的字符串並刪除它們。

例如：

ACTGGGCTGTCCAACTG  
ACTTCTGGGTCGAACTG  
CCCACTTCTGGGTTCAA 

而且我想從所有行只刪除該部分ACT和GGG 然後我會得到這個字符串的文件：

CTGTCCAACTG  
TCTTCGAACTG  
CCCTCTTTCAA 

Answer 1

你可以試試：

awk '{gsub(/ACT|GGG/,"")}1' file 

Answer 2

perl -pe 's/ACT|GGG//g' your_file 

Answer 3

sed可以幫助你：

sed 's/ACT//g; s/GGG//g' inputFile 

即取代ACT和GGG所有出現的一個空字符串。

Answer 4

使用sed的

sed -r 's/(ACT|GGG)//g' file