在R/3.0.2中安裝minqa時出錯

我正在使用their github account上的README.md文件安裝lme4，並且在安裝依賴關係期間失敗。我試圖單獨安裝它們，並在安裝minqa軟件包時仍然崩潰。我在RHEL6上使用R/3.0.2。在構建過程中，編譯器提出有關RScript不存在的問題，因爲我檢查它是在R/bin文件夾中。在R/3.0.2中安裝minqa時出錯

這裏是日誌到R安裝：

$ R CMD INSTALL minqa_1.2.2.tar.gz 
* installing to library ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library’ 
* installing *source* package ‘minqa’ ... 
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gfortran -fpic -g -O2 -c altmov.f -o altmov.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c bigden.f -o bigden.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c biglag.f -o biglag.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c bobyqa.f -o bobyqa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c bobyqb.f -o bobyqb.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c lagmax.f -o lagmax.o 
g++ -I/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -c minqa.cpp -o minqa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c newuoa.f -o newuoa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c newuob.f -o newuob.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c prelim.f -o prelim.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c rescue.f -o rescue.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c trsapp.f -o trsapp.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c trsbox.f -o trsbox.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c trstep.f -o trstep.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c uobyqa.f -o uobyqa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c uobyqb.f -o uobyqb.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c update.f -o update.o 
gfortran -fpic -g -O2 -c updatebobyqa.f -o updatebobyqa.o 
Rscript execution error: No such file or directory 
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o minqa.so altmov.o bigden.o biglag.o bobyqa.o bobyqb.o lagmax.o minqa.o newuoa.o newuob.o prelim.o rescue.o trsapp.o trsbox.o trstep.o uobyqa.o uobyqb.o update.o updatebobyqa.o -lgfortran -lm -L/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/lib -lR 
Rscript execution error: No such file or directory 
installing to /gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs 
** R 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
    unable to load shared object '/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs/minqa.so': 
    /gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs/minqa.so: undefined symbol: _ZTIN4Rcpp7RObjectE 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa’

來源

2014-01-15 office206

這是很奇怪的。它可能會更好地詢問r-sig-mixed-models，但是......我認爲這必定是某種通用環境配置問題。您能夠：（1）從源代碼安裝CRAN軟件包？（2）通過'devtools :: install_github'安裝其他軟件包？由於'minqa'在CRAN上，請先嚐試'install.packages（「minqa」）'，然後重試'install_github（「lme4」，「lme4」）'... –

PS我從谷歌你的錯誤信息是[這個不可重現的R bug]（https://bugs.r-project.org/bugzilla3/show_bug.cgi?id=14493）......你從系統（「Rscript」）'？ –

@BenBolker'[install @ lionxv 3.0.2] $ which Rscript/usr/global/R/3.0.2/R/bin/Rscript' – office206

類似的錯誤還發生時嘗試從1.0-5升級lme4到1.0-6，錯誤的是像

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
    unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/minqa/libs/minqa.so': 
    libRcpp.so: cannot open shared object file: No such file or directory 
ERROR: lazy loading failed for package ‘lme4’

剛按以下順序安裝軟件包將解決此錯誤：

install.packages('Rcpp') 
install.packages('RcppEigen') 
install.packages('minqa') 
install.packages('lme4')

我猜這是和RCpp相對的，只是將版本從0.10.6升級到0.11.0，一些ABI中斷變化發生了？

Credit從dmbates

來源

2014-02-04 01:53:49

在安裝'lme4'之前，應該是「Rcpp」而不是「RCpp？ –

」運行'install.package（「minqa」，依賴關係= TRUE） – user12719

爲了解決這個問題，用我的啓動腳本安裝，每次輸出「Hello [...]」，'minqa'軟件包必須安裝在'R --vanilla'下，這就解決了我的問題 –

在R/3.0.2中安裝minqa時出錯

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