model.matrix刪除列

我有一個數據框，我想用它來生成設計矩陣。model.matrix刪除列

>ct<-read.delim(filename, skip=0, as.is=TRUE, sep="\t", row.names = 1) 
> ct 
     s2 s6 S10 S14 S3 S7 S11 S15 S4 S8 S12 S16 
group 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 
donor 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 
>factotum<-apply(ct,1,as.factor) # to turn rows into factors. 
>design <- model.matrix(~0 + factotum[,1] + factotum[,2])

最終，我將生成一個字符串並使用as.formula（）而不是對公式進行硬編碼。無論如何，這工作併產生一個設計矩陣。儘管如此，它留下了一列。

>design 
    factotum[, 1]1 factotum[, 1]2 factotum[, 1]3 factotum[, 2]2 factotum[, 2]3 factotum[, 2]4 
1    1    0    0    0    0    0 
2    1    0    0    1    0    0 
3    1    0    0    0    1    0 
4    1    0    0    0    0    1 
5    0    1    0    0    0    0 
6    0    1    0    1    0    0 
7    0    1    0    0    1    0 
8    0    1    0    0    0    1 
9    0    0    1    0    0    0 
10    0    0    1    1    0    0 
11    0    0    1    0    1    0 
12    0    0    1    0    0    1

通過我的推理，列名稱應該是： factotum的[1] 1個factotum的[1] 2 factotum的[1] 3，factotum的[2] 1，factotum的[2] 2 factotum [，2] 3 factotum [，2] 4。這些將被重新命名爲group1，group2，group3，donor1，donor2，donor3，donor4。

這意味着factotum [，2] 1或donor1缺失。我在做什麼，這會失蹤？任何幫助將不勝感激。

乾杯本。

來源

2016-02-26 Ben

這裏有幾件事。

（1）apply(ct,1,as.factor)不一定會將行變爲因子。嘗試str(factotum)，你會看到它失敗。我不知道最快的方法是什麼，但是這應該工作：

factotum <- data.frame(lapply(data.frame(t(ct)), as.factor))

（2）由於您使用的因素的工作，model.matrix創建虛擬編碼。在這種情況下，donor有四個值。如果您是2，那麼在factotum[,2]2的列中將得到1。如果您是3或4，您會在其各自的列中獲得1。那麼，如果你是一個1？那麼，這僅僅意味着你在所有三列中都是0。這樣，您只需要三列來創建四個組。 donor的值1在這裏被稱爲參考組，這是與其他組進行比較的組。

（3）所以現在的問題是...爲什麼group（或factotum[,1]）只有兩列？我們可以用兩列輕鬆編碼三個級別，對吧？嗯......是的，這正是當你使用會發生什麼：

design <- model.matrix(~ factotum[,1] + factotum[,2])

不過，既然你指定，沒有攔截，你會得到一個額外的列group。

（4）通常你不必自己創建設計矩陣。我不確定接下來要使用哪種功能，但在大多數情況下，這些功能會爲您處理。

來源

2016-02-26 22:30:04 Laterow

model.matrix刪除列

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