model.matrix和R中

makeContrasts我想通過線性迴歸建模做一些對比在R.我有以下數據，mat1：model.matrix和R中

Gene1 Gene2 Gene3 
1 5.89  7.45 2.66 
2 8.99  5.39 1.58 
3 3.67  6.88 4.82 
4 8.25  8.76 3.58

我使用下面的代碼來創建一個設計矩陣：

library(limma) 
expression <- factor(mat1) 
design <- model.matrix(~0 + expression) 
colnames(design) <- levels(expression)

設計矩陣現在看起來很奇怪。行數和列數已更改。錯誤在哪裏？

這裏是下一個代碼塊，我想繼續使用：

fit <- lmFit(mat1, design) 
contrast.matrix <- makeContrasts(Gen1 - Gen2, levels = design) 
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) 
fit2 <- eBayes(fit2)

是正確的方式？也許有人可以幫助我。謝謝。

來源

2017-02-09 Melanie Julia

試着給我們舉個例子。 – SmallChess

通常情況下，您將條件而不是基因進行對比。 '表達< - 因子（mat1）'不正確，它應該是因子（rownames（mat1）'或'因子（colnames（mat1）'，具體取決於你正在進行的對比。 – emilliman5

使用線性模型分析基因表達的一般語法看起來是正確的，包括contrast.matrix。但是，它令我感到擔憂的是，您的代碼不提供有關樣本功能（即患者研究中的臨牀協變量）的信息。我不確定您正在測試的是問題/假設。例如，如果正在比較處理（通常與1編碼的）與不治療（0），則可以運行：

design <- model.matrix(~ feature$treatment)

其中feature是一個矩陣或data.frame與臨牀信息。

沒有看過您的實際數據和樣品/臨牀特徵，我最好的猜測是，東西的這兩行代碼出了問題：

design <- model.matrix(~0 + expression) 
colnames(design) <- levels(expression)

也就是說，設計矩陣的建立。

如果需要，您可能需要重新訪問R/Bioconductor套件limma並通過示例進行工作。

來源

2017-02-09 19:23:29

model.matrix和R中

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