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我第一次在R中使用stat_smooth()
,我想知道是否有一種方法可以獲得,對於每個x
,data(y)
和預測間隔之間的距離,你可以看到這裏的圖片:預測間隔和數據之間的距離(stat_smooth)
謝謝您的寶貴幫助!
我第一次在R中使用stat_smooth()
,我想知道是否有一種方法可以獲得,對於每個x
,data(y)
和預測間隔之間的距離,你可以看到這裏的圖片:預測間隔和數據之間的距離(stat_smooth)
謝謝您的寶貴幫助!
正如上面評論中指出的那樣,澄清你的目標會有所幫助。
如果你想複製,ggplot2
做什麼,並找到間隔以外的點距離,我有一些代碼給你。
首先,我創建了一些樣本數據,並繪製它:
library(ggplot2)
# sample data
set.seed(1234)
x <- c(1:100)
y <- c(1:100) + rnorm(100, sd = 5)
df <- data.frame(x, y)
ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point(alpha = .4) + stat_smooth(span = .3)
然後我複製什麼ggplot2
呢:我建立一個黃土模型(ggplot2
選擇黃土如果n < 1000
),我隨後使用以相同的方式建立置信區間stat_smooth
。 注意:模型的參數需要與您在stat_smooth
中使用的參數相匹配。
# find model, matching the span parameter from the graph above
model <- loess(y ~ x, data = df, span = 0.3)
# find x sequence
xseq <- sort(unique(df$x))
# function adapted from ggplot2::predictdf.loess:
# https://github.com/hadley/ggplot2/blob/f3b519aa90907f13f5d649ff6a512fd539f18b2b/R/stat-smooth-methods.r#L45
predict_loess <- function(model, xseq, level = 0.95) {
pred <- stats::predict(model, newdata = data.frame(x = xseq), se = TRUE)
y_pred = pred$fit
ci <- pred$se.fit * stats::qt(level/2 + .5, pred$df)
ymin = y_pred - ci
ymax = y_pred + ci
data.frame(x = xseq, y_pred, ymin, ymax, se = pred$se.fit)
}
# predict your data
predicted_data <- predict_loess(model, xseq, level = 0.95)
# merge predicted data with original y
merged_data <- with(df, cbind(predicted_data, y))
head(merged_data)
# x y_pred ymin ymax se y
# 1 1 -0.5929504 -5.8628535 4.676953 2.652067 -5.035329
# 2 2 0.2828659 -4.1520646 4.717796 2.231869 3.387146
# 3 3 1.1796057 -2.5623056 4.921517 1.883109 8.422206
# 4 4 2.1074914 -1.0994171 5.314400 1.613870 -7.728489
# 5 5 3.0696584 0.2371895 5.902127 1.425434 7.145623
# 6 6 4.0568034 1.4454944 6.668113 1.314136 8.530279
從複製的數據中,我們現在可以找到距離。對於區間內的情況,它返回0
。
distances <- with(merged_data, ifelse(y < ymin, ymin - y,
ifelse(y > ymax, y - ymax, 0)))
head(distances)
# [1] 0.000000 0.000000 3.500689 6.629071 1.243496 1.862167
這不是一個非常優雅的解決方案,但它可以指出你在正確的方向。
你可以分享你的數據和你用來使用'dput(data)'產生圖的代碼嗎? –
如何處理區間內的數據點?對於這些情況:'距離== 0'? –
請閱讀關於[如何提出一個好問題](http://stackoverflow.com/help/how-to-ask)以及如何生成[最小可重現示例]的信息(http://stackoverflow.com/問題/ 5963269 /如何對做 - 一個偉大-R-重複性,例如/ 5963610#5963610)。這會讓其他人更容易幫助你。 – Jaap