我有一個簡單的數據有兩個連續變量(囊泡和細胞),並用兩個級別(HC和RA)的單個分組變量設置,這裏模擬:如何繪製組內的非線性迴歸線和ggplot2中的總數據?
###Simulate Vesicle variable###
Vesicle.hc <- sort(runif(23, 0.98, 5)) #HC group
Vesicle1.ra <- sort(runif(5, 0.98, 3)) #RA group
Vesicle <- c(Vesicle.hc, Vesicle1.ra) #Combined
###Simulate Cells variable###
z <- seq(23)
Cells.hc <- (rnorm(23, 50 + 30 * z^(0.2), 8))*runif(1, 50000, 400000) #HC group
Cells.ra <- c(8.36e6, 6.35e6, 1.287e7, 1.896e7, 1.976e7) #RA group
Cells <- c(Cells.hc, Cells.ra) #Combined
###Define groups and create dataframe###
Group <- rep("HC",23) #HC group
Group1 <- rep("RA",5) #RA Group
Group <- c(Group, Group1) #Combined
df <- data.frame(Cells, Vesicle, Group) #Data frame
我已經繪製的數據的散點圖使用GGPLOT2與非線性迴歸線(示here),裝配到各組個別地使用:
###Plot data###
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x = Cells, y = Vesicle, colour=Group)) +
xlab("Stimulated neutrophils") +
ylab("MV/cell") +
stat_smooth(method = 'nls', formula = 'y~a*exp(b*x)', #Fit nls model
method.args = list(start=c(a=0.1646, b=9.5e-8)), se=FALSE) + #Starting values
geom_point(size=4, pch=21,color = "black", stroke=1.5, aes(fill=Group)) #Change point style
我的問題是,除了繪製每組的非線性迴歸函數,哪能還情節一個迴歸線適合於所有全部數據即對數據建模忽略分組變量的貢獻?
你在創作Cells.hc'的'得到了一個意外的符號存在。另外,我沒有看到'z'的創建位置。 –
我想,用'aes(group = NULL)'添加另一個'stat_smooth'。 – Axeman
哦,我真誠的道歉,當我做出工作示例時,我的環境中已經存在這些變數 - 我有多麼渺茫。現在編輯的代碼應該可以工作。我嘗試了@Axeman的建議,但是雖然沒有錯誤,但情節也沒有改變。 – Hefin