如何將clusterw .dnd文件轉換爲圖像（PNG）文件？

我想從dnd文件創建png圖像，以便更好地理解dnd文件。我已經看到一些將dnd文件轉換爲圖像格式的軟件，並且我有大約2000個dnd文件，並且我想將這些文件轉換爲圖像文件以獲得更好的效果瞭解如何將clusterw .dnd文件轉換爲圖像（PNG）文件？

是否可以從clusterw dnd文件創建系統發育樹圖像？免打擾文件

一個例子是像波紋管：

(
(
A:0.336889, 
(
(
B:0.204161, 
(
(
(
C:0.112841, 
(
D:0.0605849, 
E:0.0605849):0.112841):0.133598, 
(
F:0.0946236, 
G:0.0946236):0.133598):0.148107, 
H:0.148107):0.204161):0.285724, 
I:0.285724):0.336889):0.338734, 
J:0.338734):0.338734;

來源

2015-05-19 Arijit

第一：是的，這是可能的....第二：從文件「ClustalW生成TREEVIEW可以讀取的.DND和.PHB文件。 .PHB樹中的引導值存儲爲內部節點的標籤。這些可以使用顯示內部標籤命令查看。「.... –

視圖[biostars]（https://www.biostars.org/p/17023/） –

正如我所提到的，我已經看到了一些treeview軟件，它可以顯示一個dnd文件的圖像格式。但我想知道它後面的程序，因爲我有2000 dnd文件，它不容易從dnd創建所有圖像文件。 – Arijit

您可以在R中，使用ape library，DND文件是一個類型的Newick format

install.packages("ape") 

library(ape) 
MyTree <- read.tree("my_file.dnd") 
png("my_file.png") 
plot(MyTree) 
dev.off()

你：

phylogenetic tree

或者，如果您願意使用phytools library，請注意：之前，你必須先刪除換行符輸入文件

 
((A:0.336889,((B:0.204161,(((C:0.112841,(D:0.0605849,E:0.0605849):0.112841):0.133598,(F:0.0946236,G:0.0946236):0.133598):0.148107,H:0.148107):0.204161):0.285724,I:0.285724):0.336889):0.338734,J:0.338734):0.338734;

install.packages("phytools") 

library(phytools) 
MyTree <- read.newick("my_file.dnd") 
png("my_file2.png") 
plot(MyTree) 
dev.off()

你

phylogenetic tree 2

來源

2015-05-22 10:54:11

如何將clusterw .dnd文件轉換爲圖像（PNG）文件？

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