R：NA/NaN的/ INF在外部函數調用（ARG 1）vegdist

Question

我將嘗試使用下面的代碼做一個相似矩陣：

BC26bBrayCurtisMatrix<-vegdist(BC2_6b_OTU, method="bray", binary=FALSE, diag=FALSE, upper=FALSE,na.rm = FALSE) 

我收到此錯誤：

Error in vegdist(BC2_6b_OTU, method = "bray", binary = FALSE, diag = FALSE, NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 

我曾嘗試：

is.na(BC2_6b_OTU) 

輸出返回除了在表的末尾2列的所有FALSE。這些在我的BC2_6b_OTU.csv文件中實際上是空白的，但在這個輸出結束後說'TRUE'。這可能是問題嗎？如果是這樣，我該如何刪除這一行？

任何其他建議？我是R新手，我很感激幫助！

Answer 1

如果你想移除某些列，你可以做

x <- x[, c(ncol(x), ncol(x)-1)] 

或

x <- x[ , !sapply(x, FUN = function(n) any(is.na(n)))) 

我的猜測是，此.csv在電子表格程序產生的？如果是這樣，請考慮刪除數據集末尾的「空白」列並使用乾淨集合。

下面是一個演示，可能會導致您的問題。

library(vegan) 

data(varespec) 
vare.dist <- vegdist(varespec) 

varespec$sneakycol1 <- NA 
varespec$sneakycol2 <- NA 

sneaky.dist <- vegdist(varespec, method = "bray")