如何安裝和使用github代碼進行下一代測序數據分析？

Question

從VIPREADME.md文件：

安裝

一臺機器上安裝VIP的步驟如下：

> git clone https://github.com/keylabivdc/VIP 

> cd VIP 

> cd installer 

> chmod 755 * 

> sudo sh dependency_installer.sh 

> sudo sh db_installer.sh -r [PATH]/[TO]/[DATABASE] 

我能做到了這一點，我不知道如何做其餘的步驟。

使用

Create default config file. 
    VIP.sh -z -i <NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r <reference_path> 

    Please do not include any path information for the NGS file. 

    For example, Good for VIP.sh -z -i test.fq 
       Bad for VIP.sh -z -i [PATH]/test.fq 

Run VIP with the config file: 
    VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile> 

Run VIP with verification mode 
    VIP.sh -i <NGSfile> -v 

Answer 1

似乎是一個真正迂迴的方式來運行一個程序，但可行的。

你需要以他們指定的格式寫一個配置文件，這似乎只是你想要運行的命令。因此，例如：

的config.txt

VIP.sh -z -i <name_of_NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r /path/to/your/reference/genome 

哪裏-p是所使用的測序儀（454，離子洪流中，您的標準Illumina公司運行），-f是輸入文件格式，-r是（據推測）是用於FASTA格式的參考基因組。

然後運行該程序：

VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile> 

其中-c是路徑到您的配置文件和-i是路徑到您的NGSfile。

令人困惑的部分是，它似乎並不希望您的配置文件中的輸入文件的路徑，只是它的名稱。我認爲這應該工作。