從循環中的序列獲取下一組字母

我正在研究一個從序列中識別ORF的程序。我認爲程序應該是從序列中分析密碼子，而我似乎正在絆倒一個錯誤。我的代碼是：從循環中的序列獲取下一組字母

def __init__(self,sequence): 
    self.sequence = Seq(sequence) 
    self.reverse = self.sequence.reverse_complement() 
    self.sequence = str(self.sequence) 
    self.stopcodons = ["TAG", "TAA", "TGA"] 
    self.start = 'ATG' 
    self.length = 0 
    self.result = ("+",0,0,0,0) 

def codon(self,frame): 
    start = frame 
    while start +3 <=len(self.sequence): 
     yield (self.sequence[start:start+3],start) 
     start += 3 
    #print (start) 

def direction(self): 
    direction = "+" 
    for frame in range(3): 
     self.ORF(frame, direction) 
    direction = "-" 
    for frame in range(3): 
     self.sequence = self.reverse 
     self.ORF(frame, direction) 
    SeqAnalyzer.results() 

def ORF(self, frame, direction): 
    orf_beg = 0 
    codon_frame = self.codon(frame) 
    while True: 
     i, index = next(codon_frame) 
     if i in self.start or not self.start and i not in self.stopcodons: 
      orf_beg = index + 1 
     elif i in self.stopcodons: 
      orf_ending = index + 3 
      length = (orf_ending - orf_beg) + 1 
      if length > self.length: 
       self.length = length 
       self.result = (direction, frame, orf_beg, orf_ending, length) 
       print(self.result) 
      break 
def results(self): 
    print("'{}{:+d} {:>5d}..{:>5d} {:>5d}'" .format(self.result))

當運行它，我得到一個錯誤：

File "C:/Users/Alex/OneDrive/Python/Lab 5/findORFs.py", line 33, in direction 

self.ORF(frame, direction) 
File "C:/Users/Alex/OneDrive/Python/Lab 5/findORFs.py", line 44, in ORF 

i, index = next(codon_frame) 
StopIteration

這個問題似乎從我的下一個（codon_frame）來，但不知道我怎麼會去修復那。

來源

2015-11-12 lamazibiji

一個'StopIteration'錯誤只是意味着你已經打在你的迭代器的最後一個項目。只需將該行放在try塊中，然後通過中斷循環來處理異常/無論你需要做什麼 –

而不是

codon_frame = self.codon(frame) 
while True: 
    i, index = next(codon_frame)`

你或許應該這樣做：

for i, index in self.codon(frame):

如果由於某種原因，你想保持做手工，那麼你需要用的next()通話用try/except：

try: 
    i, index = next(codon_frame) 
except StopIteration: 
    break

來源

2015-11-12 23:42:54

@lamazibiji：'self.stopcodons'是一個列表，'self.start'是一個字符串，'i'是一個'Seq' - 通常當使用'in'時，左邊的項目需要與您正在檢查的項目相同;所以'i'應該是一個字符串，或者'self.stopcodons'應該是'Seq'的列表。 –

感謝您的回覆Ethan！我重寫了我和self.stopcodons作爲str（）和代碼現在運行。這不應該影響我的結果，但對嗎？ – lamazibiji

我也試圖使用「」{：+ d} {：> 5d} ...... {：> 5d} {：> 5d}「打印結果」但我的結果存儲爲str。我怎麼能使它工作格式代碼d？ – lamazibiji

替換：

codon_frame = self.codon(frame) 
while True: 
    i, index = next(codon_frame)

有了：

for i, index in self.codon(frame):

來源

2015-11-12 23:44:53 orlp

這給我帶來了新的錯誤：第3行4，在ORF 如果我在self.start或不self.start和我不self.stopcodons： TypeError：'在'需要字符串作爲左操作數，而不是Seq – lamazibiji

從循環中的序列獲取下一組字母

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