2016-03-29 118 views
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我有一些簡單的生成一些HTML的rmarkdown代碼。當我運行這段代碼時,我在我的控制檯中看到一堆輸出,如下所示:如何在生成HTML時使用rmarkdown去除輸出消息,

| ............ | 14% 普通文字無R碼

| ................... | 29% 標籤:無名-塊-1(含期權) 清單2個 $結果:字符 「現狀」 $回聲:LOGI FALSE

| ............. ............... | 43% 普通文字無R碼

| ..................................... | 57% 標籤:無名-塊-2(含期權) 清單2個 $結果:字符 「現狀」 $回聲:LOGI FALSE

| ............. ................................. | 71% 普通文字無R碼

| ..................................... ................... | 86% 標籤:無名-塊-3(含期權) 清單2個 $結果:字符 「現狀」 $回聲:LOGI FALSE

| ............. .................................................. .. | 100% 直列R代碼裏面片段

這裏是產生該輸出代碼..

--- 
output: 
    html_document: 
    theme: null 
    highlight: null 
    css: src/bootstrap.css 
--- 
<link href="src/style.css" rel="stylesheet"> 

<div id="page"> 

<h3 id="title-style"> Identification of Respiratory Tract Pathogens by Unbiased Sequencing </h3> 

    <p id="inline">Patient: </p> 
    <p id="inline">Date of Birth: </p> 
    <p id="inline">Gender: </p> 
    <p id="inline">Physician: </p> 
    <p id="inline">Client: </p> 
    <p id="inline">Client Address: </p> 

<div id="logo2-lp"> 
    ![logo](src/logo.png) 
</div> 

<div id="spacer"></div> 

<h3 id="header-style-vir"> Detected Pathogens </h3> 
<table id="table-style-vir"> 
<tr> 
<td> 
```{r results='asis', echo=FALSE} 
    library(xtable) 
    print(xtable(pathogens_table2[c(1:nrow(pathogens_table2)),c(4:10)]),type='html',include.rownames=FALSE) 
``` 
</td> 
</tr> 
</table> 

<h3 id="header-style-vir"> Evidence for Detection </h3> 

<div id="font-style-text"> 
<font size=1 > 
"Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat." 
</font> 
</div> 


</div> 

我試圖添加選項到包埋R代碼裏面諸如警告= FALSE,消息= FALSE,錯誤= FALSE,results ='HIDE',echo = FALSE或者所有這些的組合都沒有成功。調用降價文件時,我也試過這個代碼..

suppressMessages(rmarkdown::render(「markdown_file.Rmd", output_file = 「output.html」)) 

這不給我,我等着,等着結果。如何在運行rmarkdown文件時將輸出完全移除到控制檯?

+3

將'quiet = TRUE'添加到'render'命令中? 'warning','message','error','results'和'echo'是塊命令,隻影響塊輸出。 –

+0

謝謝@RomanLuštrik!正是我所期待的 – webDevleoper101

回答

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除了使用render()選擇羅馬的解決方案,你也可以修改opts_knit設置在一大塊接近文件的頂部,如:

```{r} 
opts_knit$set(progress=FALSE, verbose=FALSE) 
``` 

這樣即使你的進步會被隱藏不要直接自己撥打render()

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