R中的熱圖（使用heatmap（）函數）

我有一個相關矩陣，並希望獲得從冷（負相關）到紅（正相關）的熱圖，其中白色爲0相關。R中的熱圖（使用heatmap（）函數）

現在，即使我說'scale = none'，這意味着平均相關性被描繪爲白色（在我的情況下，它是0.2，這意味着所有的0相關性都是輕微的藍色）。

你能幫我解決這個問題嗎？謝謝

library(stats) 
library(gplots) 
library(RColorBrewer) 
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations", 
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

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來源

2015-02-11 Torvon

對於相關矩陣，你還可以使用那些特別爲此設計corrplot或corrgram庫。他們開箱即用，還具有額外的繪圖功能。在R Graphics Cookbook中，您可以找到examples如何使用ggplot2使用geom_tile()或geom_raster()函數繪製這種繪圖。

library(corrplot) 
library(corrgram) 
library(ggplot2) 
library(reshape2) 

corrplot(cor(mtcars)) 
corrplot(cor(mtcars), method="color") 
corrgram(cor(mtcars)) 
corrgram(cor(mtcars), lower.panel=panel.shade, 
     upper.panel=panel.pie) 

p <- ggplot(melt(cor(mtcars)), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) 
p + geom_tile() + scale_fill_gradient2(midpoint=0, limits=c(-1, 1))

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來源

2015-02-12 07:59:27 Tim

這不是一個完美的解決方案，但它似乎把工作做好。要點是要將光譜限制到相關矩陣所取的值，並使其更平滑，調色板從brewer.pal提供的11值最大值（使用奇數重複以使中值保持整數）拉伸。

vec <- rep(rev(brewer.pal(11,"RdBu")), each = 101) # stretched palette 
med <- (length(vec) + 1)/2 # middle of palette 
rad <- length(vec) - med # radius of palette 
min.g <- med + min(graph.g) * rad # lowest value taken 
max.g <- med + max(graph.g) * rad # highest value taken 
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations", 
    col = vec[min.g:max.g]) # palette restricted to realized values

來源

2015-02-11 16:56:47

驚人的，謝謝！ – Torvon 2015-02-11 17:36:29

R中的熱圖（使用heatmap（）函數）

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