在兩個特定字符串之間輸出n行文本

Question

我想輸出> contig_18，後面的文本行，並在> contig_19之前停止。

我不明白如何在> contig_18之後grep多行文本而不給出確切的換行符數。

例如：注意contigs之間通常會有超過1000行的文本。

>contig_18 
GCACAGACGGCCGACTTTAGAGAATCTGAGTTTGGAGCGCTGCCGGT 
GAATCCAGATGACTTAACCGGCCACGTCTCCCTATGACCTGCATTTT 
GAAAGAGATCTGCTTCAGATGCGATCTCCATTAGGATATCAACTTGG 
CCGATCGCATCGTCGAGAGCGGAGACACGGCAGCCAACCTTCTTGAG 
AGTCCTTTTCAGCTCGCGAAGGGCTTCAAGTACTTCCGGAGAGAACG 
GGTCGACAAGTGGATCAGGCAAAGTTGCGATTTCCACGCGTGTCGAT 
TCTGACTCGCTCATTTGATCCCCCGTGGCATTCTGCGCGGGTTGGAG 
>contig_19 

謝謝！

Answer 1

如果你真的想使用grep，你可以這樣做：

grep -A 9999 "^>contig_18" file | grep -B 9999 "^>contig_19" 

，說找到了9999條線下contig_18，並從那些發現在contig_19之前最多可以有9,999行。

Answer 2

如果你的系統有awk，你可以這樣做：用>contig_19

---

awk '/^>contig_18/ {f=1} f; /^>contig_19/ {f=0}' file 

它會變得開始>contig_18從線的所有數據和包容性的線你也可以使用這個，但我喜歡第一個更好，因爲它更定製：

awk '/^>contig_18/,/^>contig_19/' file 

或者你可以使用sed

sed -n '/^>contig_18/,/^>contig_19/p' file