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我試圖爲兩個輸入文件運行一系列命令,但是如果已經完成,我想避免做同樣的事情。爲了使它更清楚,這是我的命令:如何在Python中創建一個文件存在的循環?
from subprocess import call
import os.path
pathway = raw_input("Please give the pathway of your Genome Folder (.fa files): ")
genome= raw_input("Please type your genome name (e.g. chick_build2.1):")
#Building a genome (.stidx for stampy)
cmd = "python /space/tierzucht/mgholami/stampy-1.0.13/stampy.py -G %s %s/*.fa" %(genome, pathway)
#Building a genome (.fa for BWA)
cmd = "cat %s/*.fa > %s.fa" %(pathway, genome)
#Building an index (for BWA)
cmd = "bwa index %s.fa " %(genome)
call(cmd, shell=True)
和我想要做的就是添加一個如果每個前loop命令,如果該文件已經存在不運行此命令。我試過,但它不工作:
if os.path.isfile("%s.stidx") %genome == False:
cmd = "python /space/tierzucht/mgholami/stampy-1.0.13/stampy.py -G %s %s/*.fa" %(genome, pathway)
我想要做的是檢查,如果所選擇的文件名的stidx格式已經存在!我想用fa格式和其他幾種。
你爲什麼不使用make? –
'if loop' - 哈哈;) – naeg