如何在目錄中的多個文件上傳遞Biopython SeqIO.convert（）？

我正在寫一個python腳本（版本2.7），它將把指定目錄內的每個輸入文件（.nexus格式）變成.fasta格式。 Biopython模塊SeqIO.convert完全處理單個指定文件的轉換，但當我嘗試使用os.walk在目錄上自動執行進程時，我無法將每個輸入文件的路徑名正確傳遞到SeqIO.convert。我哪裏錯了？我是否需要使用os.path模塊中的join（）並將完整的路徑名傳遞給SeqIO.convert？如何在目錄中的多個文件上傳遞Biopython SeqIO.convert（）？

#Import modules 
    import sys 
    import re 
    import os 
    import fileinput 

    from Bio import SeqIO 

    #Specify directory of interest 
    PSGDirectory = "/Users/InputDirectory」 
    #Create a class that will run the SeqIO.convert function repeatedly 
    def process(filename): 
     count = SeqIO.convert("files", "nexus", "files.fa", "fasta", alphabet= IUPAC.ambiguous_dna) 
    #Make sure os.walk works correctly 
    for path, dirs, files in os.walk(PSGDirectory): 
     print path 
     print dirs 
     print files 

    #Now recursively do the count command on each file inside PSGDirectory 
    for files in os.walk(PSGDirectory): 
     print("Converted %i records" % count) 
     process(files)

當我運行該腳本，我得到這個錯誤信息： Traceback (most recent call last): File "nexus_to_fasta.psg", line 45, in <module> print("Converted %i records" % count) NameError: name 'count' is not defined This conversation是非常有益的，但我不知道在哪裏插入連接（）函數語句。 Here is an example of one of my nexus files 感謝您的幫助！

來源

2014-02-13 PGilbert

有幾件事情正在進行。

首先，你的過程函數沒有返回'count'。你可能想：

def process(filename): 
    return seqIO.convert("files", "nexus", "files.fa", "fasta", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna) 
    # assuming seqIO.convert actually returns the number you want

而且，當你寫for files in os.walk(PSGDirectory)你在3元組os.walk的回報，而不是單個文件操作。你想這樣做（注意使用os.path.join的）：

for root, dirs, files in os.walk(PSGDirectory): 
    for filename in files: 
      fullpath = os.path.join(root, filename) 
      print process(fullpath)

更新：

所以我看着爲seqIO.convert的文檔，並期待與被稱爲：

in_file中 - 一個輸入手柄或文件名
in_format - 輸入文件格式，小寫字符串
out_file - 輸出手柄或文件名
out_format - 輸出文件格式，小寫字母串
字母 - 可選字母承擔

in_file中是要轉換的文件的名稱，原來你只是打電話seqIO.convert以「文件」。

所以你的過程中的作用或許應該是這樣的：

def process(filename): 
    return seqIO.convert(filename, "nexus", filename + '.fa', "fasta", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)

來源

2014-02-13 04:08:22 celeritas

順便說一句，如果用法類似於SeqIO不返回任何東西（它只是轉換一個文件，也許），你可以只寫程序（FULLPATH ），同時知道len（文件）會告訴你你處理了多少文件。 – celeritas

這非常有幫助！但我仍然得到這個錯誤：'回溯（最近通話最後一個）：文件「nexus_to_fasta.psg」 41行，在印刷工藝（FULLPATH）文件「nexus_to_fasta.psg」 35行，在過程回報SeqIO.convert（「files」，「nexus」，「files.fa」，「fasta」，alphabet = IUPAC.ambiguous_dna） File「/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/ site_packages/Bio/SeqIO/__init__.py「，第899行，轉換爲 in_handle = open（in_file，」rU「） IOError：[Errno 2]沒有這樣的文件或目錄：'files'' – PGilbert

從你調用convert的方式;在查看seqIO.convert的文檔後，我更新了答案。 – celeritas

如何在目錄中的多個文件上傳遞Biopython SeqIO.convert（）？

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