向lil_matrix有效地分配一行

Question

如何將一行有效地分配給lil_matrix？我目前使用：

Q[mid, :] = new_Q 

其中new_Q是lil_matrix.getrow(x)

結果我跑使用Q.getrow(i)對比Q[i, :]測試，發現前者要快20倍。

Here's the lil_matrix documentation.

Answer 1

小lil這些時間測試（密集，但我不認爲事情），建議x[i,:]是沒有問題的設置。是的，出於某種原因，用於獲取行時速度很慢。

In [108]: x=sparse.lil_matrix(np.arange(120).reshape(24,5)) 

In [109]: timeit x[10,:]=10 
1000 loops, best of 3: 235 us per loop 

In [110]: timeit y=x.getrowview(10);y[:]=10 
1000 loops, best of 3: 291 us per loop 

In [111]: timeit x[10,:] 
1000 loops, best of 3: 658 us per loop 

In [112]: timeit x.getrowview(10) 
10000 loops, best of 3: 51.4 us per loop 

源爲getrowview是有益的，示出了如何對這個矩陣的基礎數據結構進行處理。

def getrowview(self, i): 
    """Returns a view of the 'i'th row (without copying). 
    """ 
    new = lil_matrix((1, self.shape[1]), dtype=self.dtype) 
    new.rows[0] = self.rows[i] 
    new.data[0] = self.data[i] 
    return new 

我覺得x[10,:]使用x.__getitem__或x.__setitem__。這兩個函數都比這個getrowview更復雜。我猜x.__getitem__是緩慢的，因爲它也在列索引（請參閱x._get1）。 x[10,:]所需時間與x[10,0:5]一樣多。它讓你可以做些什麼的想法

In [133]: timeit x.rows[10]=range(5);x.data[10]=[10]*5 
1000000 loops, best of 3: 1.36 us per loop 

這是遠離一般，但：

什麼可能，如果你只需要設置行來完成，並獲得rows和data直接指示特別案例。

---

一些更多的時序：

In [156]: timeit x[10,:]=x.getrow(12)[:,:] 
1000 loops, best of 3: 940 us per loop 

In [157]: timeit x[10,:]=x.getrow(12) 
1000 loops, best of 3: 259 us per loop 

這額外[:,:]緩慢。 getrow已經返回一個副本，因此可能不需要。的rows和data需求

In [160]: timeit b=x.getrowview(10);b=x.getrow(12) 
10000 loops, best of 3: 104 us per loop 

In [169]: timeit x.rows[10],x.data[10] = x.rows[12][:],x.data[12][:] 
1000000 loops, best of 3: 1.25 us per loop 

直接修改進行仔細測試。