cogent.db.ensembl cookbook的示例.getGeneByStableId（）返回'ProgrammingError'

Question

使用PyCogent查詢EnsEMBl的數據庫時出現錯誤 - 該錯誤是否可能是EnsEMBL或PyCogent中的更新引起的？

當試圖重現的PyCogent食譜的Querying Ensembl文檔頁面的代碼（「選擇基因的」部分），我得到「ProgrammingError」。

這裏是失敗的食譜代碼（我指明出現錯誤的行）：

#!/usr/bin/python 
import os 

#---------------------------------------------------------- 
# Interrogating a Genome 
#---------------------------------------------------------- 
from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome 
human = Genome(Species='human', Release=Release, account=account) 

#---------------------------------------------------------- 
# Selecting Genes 
#---------------------------------------------------------- 
brca1 = human.getGeneByStableId(StableId='ENSG00000012048') #<--- ERRORS OUT HERE 
print brca1.Description 

這裏的錯誤：

ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence'() 

額外的信息：

• 的Python 2.7.3
• PyCogent 1.5.1-2
• 的Ubuntu 12.04
• Ensmbl釋放74

Answer 1

該錯誤的出現是因爲從ENSEMBL釋放70上扔下flanking_seq數據庫。這個問題已在PyCogent github存儲庫中得到解決。