在模塊加載中使用python子進程

我目前在unix環境中使用Python 2.7。我需要在我的Python腳本運行[R腳本，但我不能管理，使其工作，因爲我的R組件的需求（用「模塊加載」）在模塊加載中使用python子進程

這裏是我的Python腳本之前加載：

import os 
    import subprocess as sp 

    os.system('module load R/3.2.3') 
    out = sp.check_output(['Rscript','test.R'], universal_newlines=True)

我一直有同樣的錯誤：「[錯誤2]沒有這樣的文件或目錄」

任何想法？我看了here和here，但無法使它工作。

謝謝你的幫助！

來源

2016-04-28 Nakor

發佈整個堆棧跟蹤。還要小心腳本所在的位置，包括python和R腳本，以便您可以將它們放在同一個目錄中。 – gplayer

在您的工作目錄中是否是test.R？ –

那麼，「模塊負載」實際上是在調用shell中設置一些環境變量。所以，當你這樣做：

os.system('module load R/3.2.3')

Python的創建過程，它運行/bin/sh，並傳遞命令外殼。模塊環境變量在該shell中設置。然後shell退出 - 完成工作！

環境變量不會 - 也不能 - 傳播回Python進程。所以，當你這樣做：

sp.check_output(['Rscript','test.R'])

這是完全不相干的，你跑前module load。

那麼你如何解決這個問題？那麼，一個可能性是明確的指定Rscript路徑：

sp.check_output(['/your/full/path/to/Rscript','test.R'])

另一個辦法是你的命令組合：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

最後，你可以簡單地運行module load在運行你的Python腳本前第一名。它設置的環境變量可以一直傳播到Python中的R調用。

順便說一句，有可能直接從Python中調用R：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

謝謝您的回答：http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-dev/html/introduction.html

來源

2016-04-28 09:13:27

它具有完美的作品！

來源

2016-04-28 09:40:29 Nakor

在模塊加載中使用python子進程

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