重新創建ggplot的geom_smooth CI背景 - 在R基礎？

我希望重新創建該圖： alt text http://had.co.nz/stat405/resources/drills/plot-drills/ggplots/hrline7.png 重新創建ggplot的geom_smooth CI背景 - 在R基礎？

（從here）

使用R基本圖形。

我不知道該怎麼做。有什麼建議？（我的動機是我想創建一個線寬（和/或顏色）將反映另一個維度的情節。到現在爲止 - ggplot2是我在R中找到的唯一一個如何做到這一點的地方。很高興能夠做到這一點也在基地R）

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2010-07-04 Tal Galili

好吧，我花了太多時間搞這個......注意最後一行是ggplot版本，所以你可以比較兩者。

#loess and error curves almost just like ggplot2 
op <- par(las=1, mar = c(3,3,1,1)) 
n <- 30 
x <- sort(rnorm(n)) #(varying density in predictor) 
x <- x + abs(min(x)) 
x <- x/max(x)*2*pi 
y <- sin(x)+rnorm(n) #(curvy) 
m <- loess(y~x) 
xx <- seq(min(x), max(x), (max(x)-min(x))/1000) #increase density of values to predict over to increase quality of curve 
f <- predict(m, xx, se = TRUE) 
ci <- f$se * qt(0.975, f$df) 
cih <- f$fit + ci 
cil <- f$fit - ci 
plot(x,y, ylim = c(min(cil,y), max(cih,y)), cex.axis = 0.85, xlab = '', ylab = '', type = 'n') 
title(xlab = 'x', ylab = 'y',line = 2) 
grid(col = 'gray') 
points(x,y, pch = 19, cex = 0.65) 
lines(xx, f$fit, col = 'blue', lwd = 1.2) 
xx <- c(xx, rev(xx)) 
yy <- c(cil, rev(cih)) 
polygon(xx, yy, col=rgb(0.1,0.1,0.1,0.25), border = NA) 
par(op) 

#qplot(x,y, geom = 'point') + stat_smooth()

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2010-07-05 19:08:29 John

令人印象深刻 - 你只是從你的其他答案中獲得了「獲勝的答案標記」。我希望你至少喜歡它:)（我很清楚你的第一句話，我用R做了很多事情......） – 2010-07-05 19:23:29

請參閱help(polygon)和example(polygon)（尤其是布朗運動的例子） - 變化的寬度是相當普遍的一些領域，以顯示隨時間變化。

同樣的例子也demo(graphics)：

## An example showing how to fill between curves. 

par(bg="white") 
n <- 100 
x <- c(0,cumsum(rnorm(n))) 
y <- c(0,cumsum(rnorm(n))) 
xx <- c(0:n, n:0) 
yy <- c(x, rev(y)) 
plot(xx, yy, type="n", xlab="Time", ylab="Distance") 
polygon(xx, yy, col="gray") 
title("Distance Between Brownian Motions")

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2010-07-04 15:06:12

謝謝dirk。有沒有辦法改變多邊形的不透明度？ – 2010-07-04 16:53:52

我會這樣想的。不是alpha，在支持的情況下，是通用顏色規範的第四個參數？ – 2010-07-04 16:56:52

第二次測試後：1）有沒有辦法創建曲線多邊形？ 2）（冒着無知的風險）我要輸入什麼來達到「通用顏色規範」？謝謝德克！ – 2010-07-04 17:38:13

而得到平滑的曲線，看loess和predict.loess

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2010-07-04 16:07:56 hadley

謝謝哈德利.. – 2010-07-04 16:52:46

我不知道，如果準確複製圖有可能在基礎圖形。在網格圖形中是可能的。儘管如此，下面的代碼爲你提供了一個類似於你想要的東西的例子。將其調整到數據集。

n <- 20 
x <- rnorm(n) 
y <- rnorm(n) 
o <- order(x) 
x <- x[o] 
y <- y[o] 
m <- loess(y~x, span = 1) #ggplot seems to smooth more than default 
f <- predict(m, se = TRUE) 
ci <- f$se * qt(0.975, f$df) 
cih <- f$fit + ci 
cil <- f$fit - ci 
plot(x,y, ylim = c(min(cil,y), max(cih,y))) 
lines(x, f$fit, lwd = 2) 
xx <- c(x, rev(x)) 
yy <- c(cil, rev(cih)) 
polygon(xx, yy, col="#A9A9A930", border = NA)

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2010-07-04 17:43:21 John

謝謝你的代碼約翰。順便說一句，在電網中做這件事很容易？ – 2010-07-04 20:31:20

不知道...如果你想要整個事情，背景和一切，網格可能會更容易。我想知道格萊德是如何讓曲線如此平滑的。標準線條函數並不會像ggplot那樣平滑。我只是猜測，在網格中修復這個問題是因爲這是ggplot的基礎。但我真的不知道。 – John 2010-07-04 23:08:31

對於此應用程序，基本和網格之間沒有區別。如果您想要更平滑的曲線，請使用更多的部分。 – hadley 2010-07-05 03:15:26

在GGPlot中將geom_ribbon成爲您所需要的？這將創建一個可變寬度線。

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2010-07-07 22:05:43 Jesse

謝謝Jesse，但是請注意我正在嘗試用base R來完成上面的操作。我接受。 – 2010-07-08 04:45:14

重新創建ggplot的geom_smooth CI背景 - 在R基礎？

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