根據值

Question

合併兩個二進制data.frames我有兩個data.frames看起來像：

df1 
    Gene name sample1 sample2 sample3  sample4  sample5 
    A    0   1   0   0   1 
    B    1   0   0   1   0 
    C    0   0   1   1   1 
    D    1   0   0   1   0 



df_final 
    Gene name sample1 sample2 sample3  sample4  sample5 
    A    1   1   1   0   0 
    B    0   1   0   0   0 
    C    1   1   0   0   0 
    D    1   1   0   0   0 

「0」 和 「1」 只存在值。我想要一個data.frame，其中當 在df1或df2中的條目在兩個data.frame中都是== 1時，它將保持爲「1」（與「0」相同）。否則，當它在一個data.frame（例如df1）中爲== 1並且在其他data.frame（例如df2）中爲0時，該條目將變爲1.兩個data.frames具有相同的行數並且相同數量的列。

所需的輸出將是：

df1 
    Gene name sample1 sample2 sample3  sample4  sample5 
    A    1   1   1   0   1 
    B    1   1   0   1   0 
    C    1   1   1   1   1 
    D    1   1   0   1   0 

由於我是在RI新想用的for循環在所述第一和第二data.frame 學習循環在多個數據.frames。目前我無法做這樣的工作。 任何人都可以幫助我嗎？

最佳，

E.

Answer 1

短道：#df3 <- as.integer(df1+df2>0)＃這是錯誤的

編輯短道：df3 <- apply(df1+df2>0, c(1,2), as.integer) #there可能是短

隨着循環等：

df3 <- as.data.frame(matrix(rep(NA, nrow(df1)*ncol(df1)),ncol=ncol(df1)) 
names(df3) <- names(df1) 

for(i in 1:ncol(df1)){ 
    for(j in 1:nrow(df1)){ 
    if(i==1){#edited 
     df3[j,i] <- df1[j,i]#edited; note, this is dangerous b/c it is assuming the data frames are organized in the same way 
    }else{#edited 
     df3[j,i] <- as.integer((df1[j,i] + df2[j,i])>0) 
    }#edited 
    } 
} 

這項工作？

Answer 2

的 「R」 的方式做這樣的事情是採取量化的優勢：

df3 <- df1 
> df3[,-1] <- ((df1[,-1] + df2[,-1]) > 0) + 0 
> df3 
    Genename sample1 sample2 sample3 sample4 sample5 
1  A  1  1  1  0  1 
2  B  1  1  0  1  0 
3  C  1  1  1  1  1 
4  D  1  1  0  1  0 

的循環仍在發生，但根據引擎蓋，在更快的編譯代碼。

的簡要說明：

我們可以添加兩個數據幀的數字部分以量化的方式：

(df1[,-1] + df2[,-1]) 
    sample1 sample2 sample3 sample4 sample5 
1  1  2  1  0  1 
2  1  1  0  1  0 
3  1  1  1  1  1 
4  2  1  0  1  0 

然後，如果我們問其值大於零，我們得到「正確「的答案，但在布爾值，而不是0和1：

> (df1[,-1] + df2[,-1]) > 0 
    sample1 sample2 sample3 sample4 sample5 
[1,] TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE 
[2,] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE 
[3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[4,] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE 

幸運的是，如果我們簡單地添加0，R將要挾布爾回整數：

> ((df1[,-1] + df2[,-1]) > 0) + 0 
    sample1 sample2 sample3 sample4 sample5 
[1,]  1  1  1  0  1 
[2,]  1  1  0  1  0 
[3,]  1  1  1  1  1 
[4,]  1  1  0  1  0 

Answer 3

你想要的是被稱爲按位或運算：https://en.wikipedia.org/wiki/Bitwise_operation#OR

有在R 3.0位運算功能：bitwAnd，bitwNot，bitwOr，bitwShiftL，bitwShiftR和bitwXor（bitwOr是你正在尋找一個）。

答案喬蘭給了很好的作品，但如果你正在運行R 3。0我建議使用按位運算，因爲它們往往工作得更快：

> system.time(for (i in 1:10000) {df3[,-1] <- ((df1[,-1] + df2[,-1]) > 0) + 0}) 
    user system elapsed 
    13.58 0.00 13.59 

> system.time(for (i in 1:10000) {df3[,-1] = bitwOr(unlist(df1[,-1]), unlist(df2[,-1]))}) 
    user system elapsed 
    5.44 0.00 5.45