從列表的組件中替換元素

-1

在讀取與read.alignment（庫seqinr）的對齊後，我有一個類對齊（secuen）對象。它有四個組件，我感興趣的是「nam」，它存儲了secuences的名稱。我還有一個帶有兩個變量的數據框架（樣本），其中一個具有序列名稱（它具有比第一個對象更多的序列名稱）以及每個序列所屬樣本的名稱。我想用兩個對象之間的序列名稱來替換序列名稱的樣本名稱。我嘗試過使用grep，還有一些for循環，但我無法得到它。實施例從列表的組件中替換元素

> sequen$nam #(length 3091) 
"HZSC42M02F3H7C" "HZSC42M02F2MMT" "HZSC42M02F03D5" 
> samples 
V1    V2 
HZSC42M02F3H7C sample_1 
HZSC42M02F2MMT sample_2 
HZSC42M02F03D5 sample_3

sequen$nam（長度3091）是一個矢量（is.vector返回TRUE）和字符（is.character返回TRUE），但sample$V1（長度61632）不是一個矢量，也不是字符

如何能我繼續？我與R工作

來源

2013-10-14 user2879197

有人猜測，樣本是一個數據框，樣本$ V1是一個因素。 –

我終於得到了解決，

與macth尋找到序列名在兩個文件中一致

test<-match(sequen$nam,samples$V1)

然後從一個文件中刪除非重合列和唯一保存列新名稱

pre<-sample[test,] 
pre1<-pre[,2]

最後用新序列名稱（pre1）和序列列表中的序列寫入新的fasta文件。

write.fasta(sequences = sec$seq, names = pre1, nbchar = 478, file.out = "final_test.fasta")

來源

2013-10-15 11:45:49 user2879197

從列表的組件中替換元素

回答

相關問題