即使pdb退出，Biopython也無法下載文件

Question

我正嘗試使用biopython和python3自動下載pdbs。但是對於幾個pdbs，我遇到了404錯誤的問題。

urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found 

一個例子，這就是它不能正常工作，但應該是：4YUU 數據庫PDB文件退出，我沒有看到的PDBS任何差異biopython下載。任何幫助，將不勝感激。

該代碼是用來：

import Bio 
from Bio.PDB import PDBList 
pdbl=PDBList() 
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU') 

Answer 1

爲4YUU的PDF格式的文件確實存在簡化版，，轉到http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4YUU用於4YUU（從紅藻放氧光合系統II的晶體結構），並在兩者在「顯示文件」和「下載文件」菜單中，PDB格式條目變灰。

沒有尋找到這進一步我想這是一個非常大的蛋白質或有別的東西，不能在傳統的舊的基於文本PDB文件格式來表示。

嘗試通過該網站，該網站Biopython應該能夠解析下載PDBx/MMCIF文件來代替。

注意Biopython的下一個版本（這將是Biopython 1.69）有改變PDBList下載代碼來支持這一點。