使用biopython從蛋白質數據庫下載pdb的錯誤

Question

儘管PDB存在於PDB中，但仍無法使用biopython從PDB下載某些pdbs。它會產生錯誤。此代碼用於下載pdb（2j8e）它不能下載，但它適用於其他pdbs。

Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12) 
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> from Bio.PDB import PDBList 
>>> pdbdownload = PDBList() 
>>> pdbid = '2j8e' 
>>> downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid) 
Downloading PDB structure '2j8e'... 

Traceback (most recent call last): 
IOError: [Errno ftp error] [Errno ftp error] 550 Can't change directory to pdb2j8e.ent.gz: No such file or directory 

這是一個錯誤。有人遇到這個問題嗎？

Answer 1

對不起，但該文件不存在！見自己：

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/j8/

有在該目錄沒有pdb2j8e.ent.gz。如果您嘗試下載2j8f或任何其他ID，您可以毫無問題地獲得它。

該文件已過時，可從ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/obsolete/pdb/j8/中檢索。使用Biopython你可以做：

downloaded_path = pdbdownload.retrieve_pdb_file(pdbid, obsolete=True)