加入換行符在SED/AWK/Perl的一個班輪FASTA文件的具有條件

我有一個看起來像這樣加入換行符在SED/AWK/Perl的一個班輪FASTA文件的具有條件

> sq1 
foofoofoobar 
foofoofoo 
> sq2 
quxquxquxbar 
quxquxquxbar 
quxx 
> sq3 
paxpaxpax 
pax

我想要做的就是將它們連接成一個線的數據：

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax

我試過這段代碼但失敗了。

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g'

什麼是正確的做法？

來源

2010-03-02 neversaint

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax

來源

2010-03-02 01:25:32 ghostdog74

該序列中剩餘的空白，例如，「paxpaxpax pax」而不是「paxpaxpaxpax」。我該如何刪除它？ – neversaint 2010-03-02 01:32:58

我看到了，所以你想在>之後留下空格，請參閱編輯 – ghostdog74 2010-03-02 01:57:05

這是做你想要使用的是什麼sed一個辦法：

sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H'

來源

2010-03-02 04:00:32

+1。不錯，但對我的口味來說太難看又複雜。 – ghostdog74 2010-03-02 04:07:08

perl -ne '!/^>/ ? chomp($p) : (chomp $_, $_.=" "); print $p; $p = $_; END{print $p}

...其中，當然如果需要的話，可以寫短了很多。

來源

2010-03-02 07:40:58 tsee

這是你的公司可能：

sed ':a;$!{N;ba};s/\n//g;s/> sq[0-9]*/\n& /g;s/.//' file

或本：

sed ':a;$!N;s/\n\([^>]\)/\a\1/;ta;s/\a/ /;s///g;P;D' file

或本：

awk -vRS='> sq' '{sub(/^/,RS);sub(/\n/," ");gsub(/\n/,"")};NR>1' file

來源

2012-02-24 16:29:59 potong

最短sed解決什麼，我能找到：

sed -n '/^>/!{H;$!b};s/$/ /;x;1b;s/\n//g;p'

來源

2012-02-24 23:00:13

加入換行符在SED/AWK/Perl的一個班輪FASTA文件的具有條件

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