防止用NetwrokX/Matplotlib重疊邊緣和節點

Question

我想繪製一個問題「Collat​​z猜想」的數字，它在數字（節點標籤）之間形成一個很好的網絡。然而，使用networkx nx.spring_layout(G)該溶液的最終情節在我得到重疊邊緣和節點：

的nx.spring_layout被配置（通過試驗和錯誤）爲：

pos=nx.spring_layout(G,k = 0.004, iterations = 500, scale = 0.6) 
nx.draw(G, labels=labels, pos=pos, font_size = 6, alpha = 0.5, node_size = nodes.values()) 
plt.show() 

是否有考慮到繪圖窗口中有足夠的空白空間，一種防止這種重疊的特殊方法？在這種情況下，節點大小取決於以下值：len(G.neighbors(node)) 沒有節點具有多於3個鄰居並且最大節點大小被限制在300以進一步防止重疊。 奇怪的是，對於較長的分支，這似乎處理得相當好，但對於像圖像中的[24,12,6,3,10]這樣的分支，它不能足夠地劃分該分支，在其他情況下它完全重疊。請告知我是否應該使用nx.spring_layout(G)之外的其他佈局，這可能會更好地處理此問題。

Answer 1

接受DYZ對使用graphviz_layout()的真正有用的評論，我想我會在這裏分享我的經驗，以防其他人有類似的問題，因爲設置這個並不是完全簡單的（對我來說，至少在Ubuntu 16.04上）：

我發現sudo pip install pygraphviz沒有工作，因爲它找不到它需要的文件之一。然後我嘗試sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev pkg-config，然後sudo pip install pygraphviz（感謝this suggestion），其中看起來像它的工作（即安裝成功），但我仍然無法通過NetworkX使用graphviz_layout()。所以，我卸載pygraphviz（sudo pip uninstall pygraphviz），然後再次安裝它，如下所示（感謝上this thread小費）：

sudo pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

這並工作，並與graphviz_layout()可視化似乎有小於節點重疊使用NetworkX的spring_layout()，以及在邊緣長度和羣集間距方面更令人滿意的方法。