創建函數來翻譯通過字典

DNA序列我有一個像這樣的創建函數來翻譯通過字典

codon = {'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 
    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'stop', 'TAG':'stop', 
    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'stop', 'TGG':'W'}

一個密碼子表我有不同序列的FASTA文件中像這樣

CAAAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCG 
CACTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACT 
AAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCGCA 
CTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACTGG

我想分析的文件，以便三個核苷酸正在輸出蛋白質。例如CAA應該輸出Q. 這是我迄今爲止

fasta = open('Fasta.txt', 'r') 

def readSeq(fasta): 
    for line in fasta: 
     if line.startswith('>'): 
      continue 
     line = line.strip() 
     print(line) 

readSeq(fasta)

來源

2017-01-26 user6415549

你爲什麼要檢查'line.startwith（'>'）'？ – aIKid

因爲'>'表示FASTA格式的標題行。你也應該檢查'＃' – Vlad

我已經想出了一些基本上遍歷每個序列的東西，一次抓三個鹼基，然後打印出相應的密碼子，但我不確定那是你在找什麼。你能提供一些理想的輸出嗎？我對fasta格式不太瞭解，所以我想在發佈之前確保我的答案是有效的。數據是提供了4個獨立的序列還是一個跨越多行的大序列？ –

你應該考慮實施使用Python發生器功能的自定義數據流。更多細節here

下面是示例代碼：

首先，你需要改變你的閱讀序列功能的時候，產生一個3鹼基對大塊

def readSeq(fasta): 
    for line in fasta: 
    if line.startswith('>'): 
     continue 
    line = line.strip() 
    chunks = [ line[i*3:i*3+3] for i in range(0, int(len(line)/3)) ] 

    yield from chunks

然後，你可以遍歷所產生的數據流：

fasta = open('Fasta.txt', 'r') 
stream = readSeq(fasta) 
for seq in stream: 
    print (codon[seq])

，你會得到這樣的輸出：

Q ķ Q ģ 我我 ķ 小號 Ť ķ 中號 ê 甲 ķ 大號大號 V 大號 ˚F Ç 甲 ˚F Ť ħ stop

來源

2017-01-26 02:24:53 Vlad

這不是答案。 – MYGz

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