bash的錯誤排序「排序：寫失敗：標準輸出：殘破的管道」

當我運行此腳本，我收到一條錯誤消息：「排序：寫失敗：標準輸出：殘破的管道」bash的錯誤排序「排序：寫失敗：標準輸出：殘破的管道」

如果有人能幫助我這將是真棒，我瘋了這個錯誤

輸入文件是所有包含FASTA格式的DNA序列的文件列表，所以每個文件有幾個序列（每個序列在一行中）格式爲： 1美元（標識符）中$ 2,3,4,5,6,7 & 8（更多值）9美元（DNA序列）

然後我想通過每個文件中的序列數（$ common_hits）選擇每個序列（這個數字不是固定值，但是我爲此例子設置了6） - 必須刪除所有少於6個序列的文件 - 具有6個序列的文件是可用的 - 具有多於6個序列的文件必須被減少到6個序列（這些序列通過字段$ 5的較高值來選擇）

輸出文件必須具有全部6個序列，序列號（字段$ 9）必須位於標識符後面的行中

我現在不會刪除原始文件的序列數超過6個，因爲我想確保它能正常工作

par_list=`ls -1 *BR` 

common_hits="6" 

for i in ${par_list} 

do 

    if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ] 
    then 
     rm -f ${i} 
    elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ] 
    then 
     cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \ 
     awk '{print $1" " $2" " $3" " $4" " $5" " $6" " $7"   "$8 ; print $9}' > ${i}.ph 
    fi 

done

來源

2017-09-13 Dani

歡迎堆棧溢出的網站，請包你的代碼（S）爲代碼的標籤，每論壇規則和更清楚地說明問題，這樣我們就可以儘量幫你，謝謝。 – RavinderSingh13

我可以看到我們可以做出很多改變成你的腳本，你可以請張貼2兩件事，第1你有什麼要求（樣本INPUT_FILE和預期的output_file），如果你只想使用相同的腳本，則使用se t -x在你的腳本開始並向我們顯示輸出，但是你還是要讓我們知道你的需求（什麼是Input_file和代碼標籤中的output_file）。 – RavinderSingh13

感謝您的建議，我希望現在可以更容易理解 – Dani

sort | head總是報告錯誤，如果head退出（或以其他方式關閉其標準輸入）sort之前已寫入它的所有輸出（這將在的情況下，如果由sort寫入的流比消耗更長的時間通過head）。這是通過設計：如果sort不能寫出所有的輸出，則預計會失敗;如果忽視此類故障，它也將忽略它不能寫它的其他原因輸出（磁盤已滿，網絡連接中斷等情況下

沒有什麼不尋常或不希望這件事。如果你不在乎有關錯誤，忽略它，並從管道檢查輸出的行數，以確定是否有錯誤情況相反。

來源

2017-09-13 17:06:58

非常感謝，所以即使排序時出現錯誤，它也不會影響我的輸出嗎？ – Dani

正確 - 「錯誤」只是'排序'不能寫'$ common_hits'行以上。 –

換句話說，「破管」錯誤通常是無害的，可以忽略，或者，如果幸運的話，甚至會被壓制。 –

bash的錯誤排序「排序：寫失敗：標準輸出：殘破的管道」

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