bash進入輸入並選擇文件

bash在ubuntu 14.04提示用戶輸入，然後在那之後要求文件在select中使用。但是，我只能選擇其中一個文件，因爲只有1個文件被標記，但目錄中有三個文件。但是，如果我把select文件放在輸入之前，那麼bash似乎工作。我似乎無法修復它，什麼是錯的？謝謝。bash進入輸入並選擇文件

擊

# enter gene input 
printf "%s \n" "Please enter gene(s), use a comma between multiple:" 
OLDIFS=$IFS 
IFS="," 
read -a genes 
for ((i = 0; i < ${#genes[@]}; i++)) 
do 
printf "%s\n" "${genes[$i]}" >> /home/cmccabe/Desktop/NGS/panels/GENE.bed 
done 

# select file 
printf "please select a file to analyze with entered gene or genes \n" 
select file in $(cd /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/bedtools;ls);do break;done 
     echo $file "will be used to filter reads, identify target bases and genes less than 20 and 30 reads, create a low coverage bed for vizulization, and calculate 20x and 30x coverage for the entered gene(s)" 
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/process.log 
for file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/bedtools/$file; do 
echo "Start selcted file creation: Panel: ${FUNCNAME[0]} Date: $(date) - File: $file" 
bname=$(basename $file) 
pref=${bname%%.txt} 
echo "End selected file creation: $(date) - File: $file" 
done >> "$logfile"

在終端

1) 12_newheader_base_counts.txt 
    34_newheader_base_counts.txt 
    56_newheader_base_counts.txt

顯示希望的終端顯示

1) 12_newheader_base_counts.txt 
2) 34_newheader_base_counts.txt 
3) 56_newheader_base_counts.txt

來源

2016-06-20 Chris

此外，一個好的做法是將您的腳本複製到http://www.shellcheck.net/並修復腳本中所有可能的陷阱。可以節省您的寶貴時間，爲微不足道的問題 – Inian

對IFS的修改事先打破了select認爲您的目錄列表的方式：使用IFS=,，它正在查找以,分隔的項目，而您的ls的輸出由換行符分隔。

您應該將恢復到之前的值（IFS=$OLDIFS）之前select。

此外，我會建議使用shell globing而非上市子shell的輸出：

select file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/bedtools/*;

來源

2016-06-20 14:22:08 Aaron

非常感謝您的幫助和解釋，我很感激它:)。 – Chris

好像你救了IFS值OLDIFS但你並沒有恢復。您在select命令中使用的擴展要求將IFS恢復爲默認值。

來源

2016-06-20 14:22:25 ccarton

bash進入輸入並選擇文件

回答

相關問題