如何從字符串

Question

我有一列文件的，像這樣的字符串列表清單的文件用grep精確匹配：

ADAMTS9 
AIP 
.... 

我想使用的字符串文件A到grep包含這些文件B和文件B線看起來是這樣的：

chr13 50571142  50592603  ADAMTS9 21461 + 
chr19 50180408  50191707  AIP 11299 + 
chr19 50180408  50193000  AIP-S1 6532 - 

我用：

grep -F -i -w -f A B 

，它是能夠與G代表上面的所有3行。但是，我只希望前兩行被grep'ed與AIP-S1第三行是不是與AIP完全匹配..

有人能告訴我如何解決這個命令來做到這一點？

謝謝。

Answer 1

您可以用awk來代替：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($4 in a)' A B 
chr13 50571142  50592603  ADAMTS9 21461 + 
chr19 50180408  50191707  AIP 11299 + 

或以任何字段搜索：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} {for (i=1; i<=NF; i++) if ($i in a) print}' A B 

Answer 2

您正在使用-w做整個單詞搜索。麻煩的是，在「AIP-S1」中，「 - 」字符是而不是的一個字符。所以「AIP」是作爲一個單詞發現。

這個瘋狂的命令工程改造模式文件，包括「字邊界樣」模式：

$ grep -if <(sed 's/^/\\(^\\|[[:space:]]\\)/; s/$/\\($\\|[[:space:]]\\)/' A) B 
chr13 50571142  50592603  ADAMTS9 21461 + 
chr19 50180408  50191707  AIP 11299 +