更新基於的另一個

Question

我有以下數據幀

GenA<-rep(c("C/C","A/C"),5) 
GenB<-rep(c("G/G","G/C"),5) 
GenC<-rep(c("A/A","A/T","A/A","A/T","A/A"),2) 
Treatment<-rep(c("A","B"),5) 
e<-data.frame(GenA,GenB,GenC,Treatment) 

隨着，我想以計算在該頻率某些基因存在於給定的治療事件一列。所以，我做的：

e$MutA<-ifelse(!(e$GenA=="C/C"),"MutA","") 
e$MutB<-ifelse(!(e$GenB=="G/G"),"MutB","") 
e$MutC<-ifelse(!(e$GenC=="A/A"),"MutC","") 


e$summary<-paste(e$MutA,e$MutB,e$MutC,sep=",") 
round(prop.table(ftable(e$summary,e$Treatment),2),digits=2) 

它可以給我我想要的值：

    A B 

,,    0.6 0.0 
MutA,MutB,  0.0 0.6 
MutA,MutB,MutC 0.0 0.4 
,,MutC   0.4 0.0 

現在我想包括通過xtable乳膠文檔中，因此需要改變rownames排除任何逗號在一個詞的開始。理想情況下，輸出將類似於：

    A B 

no Mut   0.6 0.0 
MutA,MutB,  0.0 0.6 
MutA,MutB,MutC 0.0 0.4 
MutC   0.4 0.0 

我不想使用rownames命令，因爲我的基礎數據集是不斷變化的，每週都增加了很多行。此外，我有更多的專欄比張貼在這裏。所以我正在尋找另一種實現這一結果的方式。你有什麼想法？

Answer 1

這個怎麼樣？

tab <- prop.table(ftable(e$summary,e$Treatment),2) 
# remove leading commas using a regular expression 
attr(tab,'row.vars')[[1]] <- sub('^,+','',attr(tab,'row.vars')[[1]]) 
# replace entries with no mutations with 'no Mut' 
attr(tab,'row.vars')[[1]][attr(tab,'row.vars')[[1]]==''] <- 'no Mut'