Nanopore工具設計用於分析fastq文件格式？

Question

我剛剛收到我的第一個納米孔數據集併發送了fastq文件。我期待着一個fast5文件，現在我不知道如何開始過濾數據。我遇到的大多數工具（NanoOK，poretools）都處理fast5格式，儘管它們都提供了從fast5轉換到fastq的方式，但他們的工具只需要fast5輸入。

當我嘗試使用fastq_quality_filter我得到一個堆棧溢出錯誤...

Answer 1

通常在納米孔數據分析的第一步是從fast5轉換成的fastq，所以他們實際上是救了你的工作。可以用軟件如poretools，Porechop或poRe進行進一步分析。您在fastq_quality_filter中的錯誤可能有其他原因。