在第一列

Question

精確模式的grep行我有這樣的腳本：

while read line; do grep $line my_annot | awk '{print $2}' ; done < foo.txt 

但它不會返回我想要的。

問題是，在foo.txt中，當我有例如Contig1時，腳本將返回文件my_annot的第2列，即使發現的模式是Contig12而非僅Contig1！

我在$模式結束時嘗試了$，但問題在於它對應於行尾，而我搜索的這個表達式在列1中，因此不是行尾。

我該如何判斷搜索此EXACT模式，而不是那些包含此模式的模式？

#######回答：

我的腳本是：

annot='/home/mu/myannot' 
awk 'NR == FNR { line[$0]; next } $1 in line { print $2 }' $1 $annot > out 

它可以讓我放棄，我想找到的第一個參數表達的名單做./myscript.sh MYLIST

然後我將結果重定向到一個名爲out的文件中。

謝謝你們！

Answer 1

你應該用awk做這件事：

awk 'NR == FNR { line[$0]; next } $1 in line { print $2 }' foo.txt my_annot 

這讀取foo.txt每一行，在數組中設置一個關鍵line，然後打印第一列與數組中其中一個鍵完全匹配的任何行的第二列。

當然，我猜測您的數據格式與其他答案相同。

Answer 2

所以，你有一個像

Contig1   hugo 
Contig12  paul 

權的文件？

那麼這將幫助：

awk '$1~/^Contig1$/ {print $2}' foo.txt 

Answer 3

我覺得這是你想要

while read line; do grep -w $line my_annot | awk '{print $2}' ; done < foo.txt 

什麼，但它不是100％清晰（由於缺乏數據。例如）會否在所有情況下工作。