替代方法：剪切-d <string>？

Question

當我鍵入ls我得到：

aedes_aegypti_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_albimanus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_arabiensis_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_stephensi_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
culex_quinquefasciatus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 

我要管到這個切口（或通過一些替代方式），這樣我只得到：

aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 

如果削減將接受一個字符串（多個字符），因爲它的分隔符，然後我可以使用：

cut -d "_upstream_" -f1 

但這是不允許的，因爲cut只需要單個字符作爲分隔符。

Answer 1

awk確實允許一個字符串作爲分隔符：

$ awk -F"_upstream_" '{print $1}' file 
aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 
drosophila_melanogaster 

注意給定的輸入，你也可以使用cut與_作爲分隔符，並打印第一兩項紀錄：

$ cut -d'_' -f-2 file 
aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 
drosophila_melanogaster 

sed和grep CAN也做到了。例如，這grep採用先行打印一切從行的開始，直到找到_upstream：

$ grep -Po '^\w*(?=_upstream)' file 
aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 
drosophila_melanogaster 

Answer 2

如果你只想要第一個字段，你可以在純bash中做到這一點：

ls | while read line; do echo "${line%%_upstream_*}"; done 

Answer 3

您還可以使用SED：

sed -i.bak 's/_upstream.*//' file 

結果：

aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 
drosophila_melanogaster 

注意：這也會創建原始文件的備份爲file.bak。

Answer 4

類似@湯姆·芬內克 - 使用bash parameter expansion/substring removal - 但使用for循環：

$ ls 
aedes_aegypti_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_albimanus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_arabiensis_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
anopheles_stephensi_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
culex_quinquefasciatus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 
drosophila_melanogaster_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta 

$ for file in *; do 
> echo "${file%%_upstream_*}" 
> done 
aedes_aegypti 
anopheles_albimanus 
anopheles_arabiensis 
anopheles_stephensi 
culex_quinquefasciatus 
drosophila_melanogaster