xtable中的Cox迴歸輸出 - 選擇行/列並添加置信區間

我不想將輸出從cox迴歸導出到表中，然後我可以將其放入我的文章中。我想去做最好的辦法就是用xtable：xtable中的Cox迴歸輸出 - 選擇行/列並添加置信區間

library(survival) 
data(pbc) 
fit.pbc <- coxph(Surv(time, status==2) ~ age + edema + log(bili) + 
    log(protime) + log(albumin), data=pbc) 

summary(fit.pbc) 
library(xtable) 
xtable(fit.pbc)

現在我想要做以下的輸出：

添加的95％置信區間（CI）
選擇某些行，說年齡和日誌（凝血酶原時間）
回合的EXP（B）& CI到三位小數
刪除以Z &定期COEF列

在此先感謝！

來源

2011-10-15 Max Gordon

我想通過首先看看survival包如何構建默認打印的表。

要找到這是否打印功能，檢查類你適合的對象，然後查找該類的打印方法：

class(fit.pbc) 
# [1] "coxph" 
grep("coxph", methods("print"), value=TRUE) 
# [1] "print.coxph"   "print.coxph.null" 
# [3] "print.coxph.penal" "print.summary.coxph"

考慮看看print.coxph後，這裏就是我來了：

cox <- fit.pbc 

# Prepare the columns 
beta <- coef(cox) 
se <- sqrt(diag(cox$var)) 
p <- 1 - pchisq((beta/se)^2, 1) 
CI <- round(confint(cox), 3) 

# Bind columns together, and select desired rows 
res <- cbind(beta, se = exp(beta), CI, p) 
res <- res[c("age", "log(protime)"),] 

# Print results in a LaTeX-ready form 
xtable(res)

來源

2011-10-15 22:36:15

謝謝，正是我尋找的簡單解決方案:) –

xtable(round(summary(fit.pbc)$conf.int[c(1,3),],3)) 
#-----------------------------# 
% latex table generated in R 2.13.1 by xtable 1.5-6 package 
% Sat Oct 15 18:36:04 2011 
\begin{table}[ht] 
\begin{center} 
\begin{tabular}{rrrrr} 
    \hline 
& exp(coef) & exp(-coef) & lower .95 & upper .95 \\ 
    \hline 
age & 1.04 & 0.96 & 1.02 & 1.06 \\ 
    log(bili) & 2.37 & 0.42 & 2.02 & 2.79 \\ 
    \hline 
\end{tabular} 
\end{center} 
\end{table}

這說明你與海峽查看摘要對象上

str(summary(fit.pbc)) 
# snipped 
$ conf.int : num [1:5, 1:4] 1.0404 2.4505 2.3716 10.8791 0.0815 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:5] "age" "edema" "log(bili)" "log(protime)" ... 
    .. ..$ : chr [1:4] "exp(coef)" "exp(-coef)" "lower .95" "upper .95"

來源

2011-10-15 22:37:38

您也可以將'digits'參數用於'xtable'，而不是通過'round'發送它。 –

我認爲總結已經四捨五入到2位數。（但是很少有足夠的精確度來證明超過2位數字。） –

感謝您的努力，選擇了喬希的答案，因爲它解決了我所有的問題。 @DWin - 我指定了3位數，因爲彙總輪次爲2位數 - 我有一個非常大的數據集，我還沒有決定小數的數量，雖然我完全同意很多小數給出的統計數據更精確的錯覺他們是。 –

xtable中的Cox迴歸輸出 - 選擇行/列並添加置信區間

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