R：這熱圖/圖像得到行排序沒有任何樹狀情節？

哪個方案是最好的一個熱圖/圖像時，僅在行排序，但不顯示任何樹狀圖或其他視覺上的混亂（只是一個2D有色網格，兩軸自動命名標籤）。除了基本的數字排序之外，我不需要花哨的集羣。該數據是一個39x10的數字表（0,0.21），我想要可視化。R：這熱圖/圖像得到行排序沒有任何樹狀情節？

我搜索的SO（見this）且R網站，並嘗試了一些出來。查看R Graphical Manual可查看優秀的可搜索截圖和相應軟件包列表。

軟件包的範圍很混亂 - 哪一個是首選的熱圖（如ggplot2適用於大多數其他繪圖）？以下是我發現至今：

base::image - 壞，對軸沒有名字的標籤，不排序/集羣
base::heatmap - 選擇比遠不如理解以下幾點：
pheatmap::pheatmap - 很棒，但是似乎無法關閉樹狀圖？（任何黑客？）
ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
gplots::heatmap.2，ref - 似乎通過生物技術的人的青睞，但矯枉過正的方式爲我的目的。（無關係ggplot *或韋翰教授）
plotrix::color2D.matplot也存在

base::heatmap是煩人，即使ARGS heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)它仍然繪製的行不需要的樹狀圖。

現在我與pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)和手動預先分類我的表，這樣的傢伙去：Order of rows in heatmap?

附錄：顯示值在每個單元中，請參閱：display a matrix, including the values, as a heatmap。我不需要這個，但它很好。

來源

2012-05-12 smci

我很簡單我不完全確定你在問什麼。你問如何在ggplot中製作熱圖？如果是這樣，你需要使用'geom_tile（）' – Andrie

@Andrie：我只是問你所有推薦哪個包（我該如何排序沒有集羣和無樹狀圖？）。我不認爲* * GGPLOT2可以做熱圖，但你提到geom_tile後，我發現，[learnr文章（http://learnr.wordpress.com/2010/01/26/ggplot2-quick-heatmap-plotting/）。 – smci

如果你只是想排序，爲什麼不使用'sort（）'？ – Andrie

隨着pheatmap可以使用的選項treeheight_row和treeheight_col這些設置爲0。

來源

2012-05-12 21:59:56

你沒提到只是另一種選擇......包bipartite因爲它像你說的

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("a","b","c") 
colnames(mat)<-c("a","b","c") 
visweb(mat,type="nested")

來源

2012-05-12 09:00:40

以下是[bipartite：visweb]的截圖（http://rgm2.lab.nig.ac.jp/RGM2/func.php?rd_id=bipartite:visweb）。看起來不錯，不知道如何從他們的生物學目的中重新使用額外的標籤選項。 – smci

R：這熱圖/圖像得到行排序沒有任何樹狀情節？

回答

相關問題