「interp」獲得熱圖/輪廓R

Question

我有一個從模擬生成數據，然後想要繪製（熱圖/輪廓/ 3d圖等）的觀點;但是，對於這些數據，需要使用interp等函數進行插值。這裏是樣本dataset。

下面是一段代碼，我想...

library(akima) 
library(GA) # for persp3D; there exists another package for same function "fields" 

data <- read.table(commandArgs()[3], header=T,sep="\t") 
data <- na.omit(data) 

qmax = max(data$q) 
kmax = max(data$k) 

x <- data$k_bike/kmax 
y <- data$k_car/kmax 
z <- data$q/qmax 

matrix = interp(x,y,z) 

persp3D(matrix ,nlevels=30, asp=1, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), color.palette=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb")) 

所以結果是 -

現在，由於插值，有很多點，其中有紅/橙色代替綠色等等。對於例如，如果我使用的lattice

levelplot(z~x*y, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), col.regions=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb")) 

levelplot結果是 -

現在，它是清晰可見的，有有極少數的數據點零（或幾乎爲零）值爲z。現在，問題是，在levelplot中，我得到了人爲因素（缺少數據點的白色），我想要更好的插值。有沒有其他功能來執行此操作？

我也試過等高線圖如下：

scale <- (qmax+10)/qmax * c(0.000, 0.01, 0.05, 0.10, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0) 
filled.contour(matrix, nlevels=30, asp=1, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), levels=scale,color.palette=colorRampPalette(c("green3","yellow", "red"),space = "rgb")) 

和結果又是（一種顏色不對指示的）。

總之 - 我想有等高線圖或3D圖，但具有零（大約爲零）z值數據 點類似電平的 清晰（或正確）顏色指示情節。

Answer 1

我走近deldir和rgl包（它們允許通過繪製點的不規則集合定義的表面）你的問題。

library(deldir); library(rgl) 

# Below two lines require time depending on the　machine power, be careful 
dxyz <- deldir(x, y, z = z)  # do Delaunay triangulation 
mxyz <- as.mesh3d(dxyz)   # convert it to triangle.mesh3d.obj 

bgyr <- colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow", "red")) # colour func 

# use z values for colouring 
plot3d(mxyz, col=bgyr(256)[cut(mxyz$vb[3,], 256)][mxyz$it], type="shade") 
light3d()   # if you want vivit colours 

# another approach 
# you can solve it by just increasing interp()'s arguments, nx and ny. 

library(akima); library(lattice); library(dplyr) 

df <- interp(x,y,z, nx=150, ny=150) %>% interp2xyz() %>% data.frame() 
levelplot(z ~ x * y, df, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), 
      col.regions = colorRampPalette(c("green3", "yellow", "red"), space = "rgb"))