將閾值設置爲autoThreshold的函數

我已經爲ImageJ/FIJI寫入了一個宏，用於對我的共聚焦顯微鏡圖像進行去卷積並運行「3D Object Counter」插件。宏成功運行所有必需的命令並將所有必需的數據保存在指定的位置。將閾值設置爲autoThreshold的函數

但是，我發現3D-OC autotreshold（如插件對話框中所示）嚴格導致對象丟失或分割。爲了解決這個問題，我想通過類似於在這裏（來源：How to get threshold value used by auto threshold Plugin）完成規定的功能的東西，以減少autothreshold這就造成了這樣的代碼：

setAutoThreshold(); 
    getThreshold(lower,upper); 
    v=setThreshold(lower,upper*0.5); 
    run("3D Objects Counter", "threshold="v" slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

當時的想法是調用AutoThreshold值，修改他們並將它們設置爲一個變量。然而，當這些線運行返回以下錯誤：

Number or numeric function expected in line 3. 
v=<setThreshold>(lower,upper*0.5);

並且，如果變量被直接插入到用於運行閾鍵（3D-OC）以下MSG遇到：

Numeric value expected in run() function 
Key:"threshold" 
Value or variable name:"setThreshold(lower,upper*0.5"

任何關於如何將3D-OC閾值指定爲變量的建議或幫助都將非常感謝（當然，任何工作:)）。

乾杯

編輯：下面的測試簡的反應（這完美的作品）之後，似乎我需要調用由3D-OC插件設置的閾值。有人知道怎麼做嗎？

來源

2014-01-10 user3180258

getThreshold(lower, upper)函數返回提供的變量中的下限和上限閾值。無需爲新變量分配任何值，並且如您所見，setThreshold不具有任何返回值。

相反，您可以使用值（S）從getThreshold返回，並用它們作爲run方法參數（以正確的方式，通過字符串連接，見here）：

setAutoThreshold(); 
getThreshold(lower, v); 
run("3D Objects Counter", "threshold=" + v + " slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

另外，您可以使用&v在第二個參數，以避免在最後一行字符串連接（見documentation for the run() macro function）：

run("3D Objects Counter", "threshold=&v slice=10 min.=400 max.=20971520 objects statistics summary");

您可能需要使用較低的，而不是上的閾值，取決於你是否計數明亮或黑暗的物體。

來源

2014-01-10 11:20:17

一月，謝謝你。它完全按照規定完成。不過，我似乎從一開始就理解我的問題。 ImageJ中的閾值函數都沒有返回與3D對象計數器插件相同的下限。你是否知道有什麼方法可以調用這個插件自動確定的閾值（這樣就可以像上面描述的那樣處理它）？ – user3180258

似乎3D對象計數器正在使用圖像堆棧的_last slice_來生成閾值（請參見[源代碼]（https://github.com/fiji/fiji/blob/master/src-plugins/3D_Objects_Counter/src /main/java/_3D_objects_counter.java#L76-85）） –

道歉爲不標記爲答案Jan – user3180258

將閾值設置爲autoThreshold的函數

回答

相關問題