在python中使用變量作爲新文件的名稱的一部分

Question

我對python相當陌生，而且我的python腳本（split_fasta.py）有問題。這裏是我的問題的一個例子：

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"] 
for file in list: 
    contents = open(file, "r") 
    for line in contents: 
     if line[0] == ">": 
      new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w") 
      new_file.write(line) 

我已經離開了程序的底部部分，因爲它不需要。我的問題是，當我在同一個direcoty我的fasta123文件運行這個程序，它的偉大工程：

蟒蛇split_fasta.py * .fasta

但是，如果我在不同的目錄我希望程序輸出新文件（例如1.fasta_chromsome.fasta）到我當前的目錄中......它不會：

python /home/bin/split_fasta.py/home/data /*.fasta

這仍會在與fasta文件相同的目錄中創建新文件。在這裏，我敢肯定，問題是這一行：

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w") 

因爲如果我把它改成這樣：

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w") 

它創造了我的當前目錄下的輸出文件。

我希望這對你們中的一些人有意義，我可以得到一些建議。

Answer 1

您正在給出舊文件的完整路徑以及一個新名稱。所以基本上，如果file == /home/data/something.fasta，輸出文件將是file + "_chromosome.fasta"這是/home/data/something.fasta_chromosome.fasta

如果您在使用fileos.path.basename，你會得到的文件名（即在我的例子，something.fasta）

從@Adam史密斯

您可以使用os.path.splitext擺脫的.fasta

basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file)) 

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回到代碼示例，我看到了很多不推薦用Python的東西。我會詳細介紹。

避免陰影內置名稱，如list,str,int ......它不明確，可能會導致以後出現潛在問題。

打開文件進行讀取或寫入時，應使用with語法。這是強烈建議，因爲它需要謹慎關閉文件。

with open(filename, "r") as f: 
    data = f.read() 
with open(new_filename, "w") as f: 
    f.write(data) 

如果你在你的文件中的空行，line[0] == ...將導致IndexError例外。改爲使用line.startswith(...)。

最終代碼：

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"] 
for file in files: 
    with open(file, "r") as input: 
     for line in input: 
      if line.startswith(">"): 
       new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta" 
       with open(new_name, "w") as output: 
        output.write(line) 

通常，人們要是敢動我，並說 「這hugly」。不是真的 ：）。縮進的級別清楚了什麼是上下文。