如何使用ggtree或Python的ETE工具包繪製基因滲入圖？

我正在遷移我在前幾天在ggtree's google forum中問過的一個問題。由於SO社區規模較大，更重要的是，由於我必須繼續我的項目，所以我會給出一個答案，讓這裏的某個人可能會有答案。我正在繪製一個系統發育樹，其中分支的顏色對應於物種。我的樹有滲入。這意味着：同一物種的所有個體可能不會連接到樹中的唯一節點，而是散佈在其周圍。爲了反映這種差異，我想將顏色分支分成一組屬於同一物種的個體（因此稱爲操作分類單位或OTU），直到發現衝突。例如，在下圖（無基因滲入）中，t3，t4和t10屬於「綠色」OTU，而t1，t2，t7和t8屬於「紅色」OTU。一旦這些不同的OTU碰到樹中的同一個節點，剩下的分支就會變成黑色。如何使用ggtree或Python的ETE工具包繪製基因滲入圖？

library(ggtree) 
set.seed(123) 
tree <- rtree(10) 

cls <- list(c1=c("t1", "t2","t8","t7"), 
     c2=c("t3", "t4", "t10"), 
     c3=c("t9","t6","t5")) 

tree <- groupOTU(tree, cls) 
ggtree(tree, aes(color=group)) + geom_text(aes(label=label)) + 
scale_color_manual(values=c("black", "red","green","blue")) + 
    theme(legend.position="right")

這是我想對明確界定的OTU的行爲，不幸的是，一旦滲入被添加到方程，不同物種的個體在整個樹傳播，ggtree似乎顏色分配給基於某種多數人共識的衝突分支（左圖）。在下面的圖中，f1是「綠色」物種的一部分，已滲透到「紅色」物種的個體中。由於連接t1和t2的節點標誌着系統發育的差異，因此我希望將剩餘的邊緣染成黑色，直到原點（右圖）。

library(ggtree) 
set.seed(123) 
tree <- rtree(10) 

cls <- list(c1=c("t2","t8","t7"), 
     c2=c("t3", "t4", "t10","t1"), 
     c3=c("t9","t6","t5")) 

tree <- groupOTU(tree, cls) 
ggtree(tree, aes(color=group)) + geom_text(aes(label=label)) + 
scale_color_manual(values=c("black", "red","green","blue")) + 
    theme(legend.position="right")