如何使用blat工具搜索基因組中的基因？

Question

我需要使用blat工具。我需要找到基因組中某些基因的起始和終止位置。我從下面的鏈接下載了該工具： http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html，一個blat文件+ blatSrc.zip文件。 我不知道如何運行它。用戶指南可以在下面的鏈接中找到： http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

任何人都可以告訴我，我必須寫我得到我的結果？

謝謝。

Answer 1

的基本命令是： BLAT數據庫查詢output.psl

例如，如果你要搜索的人類基因組的特定序列您的命令可能是： BLAT hg19.fa query_sequence.fa輸出。 psl

在此處查看更多詳細信息： http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html