cheminformatics

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我的目標是使用元素週期表（或列表）來獲取有關Java中特定元素的信息。我想通過原子序數和符號搜索它（但該轉換應該很簡單）。我在this JQuery plugin找到該信息。但它被存儲爲一個JSON文件。硬編碼信息似乎是最有效的（因爲它不會經常更改並且由於性能原因），但是如何將JSON轉換爲硬編碼的enum？

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rcdk R包未能計算來自SMILES代碼的指紋

我正在使用微笑代碼獲得FDA批准的可用於chEMBL 22數據庫的藥物。我現在用的是package rcdk，我使用此代碼： library(rcdk) dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smi

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可以INCHI用於化學結構的搜索，而不是指紋

我想到用INCHI的主層，電荷層和立體層（INCHI字符串），我們還是可以比較的化學分子結構搜索（相似性和結構搜索），但是，爲什麼大多數應用都是用於進行相似性搜索或子結構搜索的化學指紋。 INCHI中缺少的可通過化學指紋（如daylight或任何其他指紋）可用的缺失

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如何使用正則表達式來識別化學公式中氫的數量？

應使用哪種表達式來確定化學式中的氫原子數量？例如： C40H51N11O19 - 51氫 C2HO - 1氫 CO2 - 無氫（空）任何建議？謝謝！乾杯！

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刪除化合物的斷開結構

我一次一個上傳3個不同的化學文件到我的應用程序中。每個文件包含SMILE的化合物，但標記名稱不同。我正在通過讀取文件創建一個IAtomContainer流。我想從流中移除斷開連接的結構。有什麼方法可以將其刪除而不是手動檢查SMILES。我正在使用cdk 1.5.13。