mothur

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R包重塑函數融化錯誤：在處理很多因素時數據中找不到id變量

我正在使用mothur的稀疏輸出，它基本上給了我一個數據集，其中包含採樣序列數和獨特數序列在幾個樣本中。我想用ggplot2來顯示這些數據，因此需要使用melt從wide轉換爲long格式。 問題是我找不到這個工作的原因，因爲melt的錯誤。這基本上指出 Error: id variables not found in data: 1,3,6, (... and so on) 由於原始數據集的大小

r reshape melt mothur 2012-09-07

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從文件中輸出選定的行作爲第一列，文件名稱作爲第二個coulmn

我剛剛開始在win7中使用powershell，以便爲程序mothur生成管道式腳本。之前我在ubuntu中使用bash腳本來做到這一點。我很高興現在一切都運作良好，除了一個任務： 我想喜歡格式化FASTA文件的格式爲： filename.fasta: >HXXC990 AGTTCAAGGTCTCT >HXXC991 GGGTTTCAAATCTC >HXXC992 GGGTCTCTC

powershell text-files data-conversion mothur 2013-04-06

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如何生成從距離矩陣中的R的排序圖

這裏我有另一個「的圖形」的問題： 我從MOTHUR獲得以下距離矩陣（從加權unifrac分析未來）： 20 F3D0 F3D1 0.222664 F3D141 0.157368 0.293308 F3D142 0.180278 0.319198 0.0944511 F3D143 0.157659 0.290975 0.0545202 0.0761392 F3D144 0.1

r matrix distance mothur 2017-07-06

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