mpi-io

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    我正在使用mpi4py作爲我想要並行化的項目。下面是我的程序非常基本的僞代碼: Load list of data from sqlite database Based on COMM.Rank and Comm.Size, select chunk of data to process Process data... use MPI.Gather to pass all of the

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    可以說我有在這樣的格式N個文件的組合: 一個文件看起來像這樣: 對於每個時間有不同的ID數據的一定量的 - time 1: - data with id: 10 - data with id: 13 - data with id: 4 - time 2: - data with id: 10 - data with id: 77 ..

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    我試圖從一個MPI應用程序的文件閱讀。集羣有4個節點,每個節點有12個核心。我已經嘗試運行一個基本的程序來計算排名,這是有效的。當我將它MPI_File_open在運行時拋出一個異常 之一儲存您的應用程序處理不好的終止=退出代碼:139 集羣已安裝MPICH2並具有網絡文件系統。我檢查MPI_File_open與像只讀模式不同的參數,MPI_COMM_WORLD等 我可以使用MPI_File_op

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    如何使用MPI-IO將文件從一個計算的localscrach傳輸到集羣中另一個計算節點的localscratch?

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    我有一個文本文件,其中包含一個標題矩陣,然後矩陣。這裏有一個例子爲3x3矩陣: 3 3 1 56 8 12 3 0 9 44 81 我一直得到垃圾值與MPI-IO,並發現它只是二進制工作原理,而不是文本文件。 我以爲我會讀一個字符流並轉換爲整數,但我不知道如何處理這個問題,因爲矩陣元素有可變的數字位數。我真的不知道如何處理這個問題?

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    我遇到我在嘗試寫與MPI-IO文件,用Fortran 90。如果我這樣做有問題,使用MPI_File_Set_View program test implicit none include "mpif.h" integer :: myrank, nproc, fhandle, ierr integer :: xpos, ypos integer

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    我開始爲我的分子動力學代碼學習mpi i/o。首先,我試圖運行此代碼: http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/usingmpi2/examples/starting/io3f_f90.htm 編譯和運行之後,我得到了 'testfile的'。但是當我'vim testfile'時,我看到很多無法識別的字符,如'^ A^@^@^@^B^@^@^@^

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    我想通過MPI-I/O讀取CFD網格文件。該文件是一種Fortran無格式格式,具有較大的字節順序,它包含整數和實數* 8的混合變量(文件以塊大小整數開頭,後面跟着該塊的x,y,z座標)。我可以設法讀取第一個整數,但真正的實體完全錯誤或不太準確。所以我簡化了代碼以重現相同的錯誤。它寫出一個真正的價值,用Fortran格式化格式的文件,並嘗試從串行與並行讀回(通過MPI-I/O): program

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    這也許是一個愚蠢的問題,但不同的計數值, 我想這N處理器寫在同一個文件中的所有不同的byte count具有不同offset使數據contignously。 我想用MPI_File_write_all(file,data,count,type,status)(單個文件指針,集體,阻塞)函數。 第一個問題是,每個處理器可以爲count參數指定一個不同的值嗎? 我無法找到MPI 3.0參考中提到的任何

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    #include <stdio.h> #include <iostream> #include <Windows.h> #include <C:\Program Files\Microsoft MPI\Inc\mpi.h> using namespace std; #define BUFSIZE 128 int main (int argc, char *argv[]) {