展平數據矩陣的DataMatrix

我使用getgeodata()方法從NCBI獲取微陣列數據。這返回結構，具有字段數據，它是DataMatrix，每列代表不同的樣本和代表探針的行。出於某種原因，儘管在數據矩陣的每個細胞本身是一個1x1的二維條碼，因此，當我嘗試做這樣的事情：展平數據矩陣的DataMatrix

am_accession = getgeodata('GSE2034') 
am_data_adj = rmabackadj(am_accession.Data)

Matlab的引發錯誤：

Error using rmabackadj (line 80) Probe intensity values must be numeric and real.

我想我需要壓扁DataMatrix，以便1x1 DataMatrices中的值是較大DataMatrix中的值，但是，我不確定如何在Matlab中完成此操作。

任何想法如何做到這一點（慣用）？

來源

2016-07-29 merv

DataMatrix看起來是一個matlab類/對象（特別是bioma.data.DataMatrix）。

這意味着您可以閱讀其文檔，即doc bioma.data.DataMatrix。您也可以直接從對象中獲取可用方法的列表，方法是在控制檯中寫入DataMatrix的名稱和點後，按[TAB]。

在任何情況下，似乎沒有你想要的正是一個.double()方法，即所有的數據轉換成雙打的陣列，即

am_accesion.Data.double()

來源

2016-07-29 16:12:06

這是一個有趣的數據結構;我沒有來過它。你可以做像MyData（：''columnname'）'，或'MyData（[1：5]，{'columnname1'，'columnname2'}）''。這很酷，很高興知道這存在。 –

似乎與R數據幀類似。 DataMatrix中的DataMatrix雖然即使以這種方式存儲，也很奇怪 - 它使變量檢查視圖變得無用。 – merv

如果您希望獲得仍保留按行/列名查詢的子集（即它是同一類型的子集）的子集，那麼這很有意義。真正的弱點是matlab無法鏈接操作符，所以你必須在整個地方分配臨時變量，也就是'd = Data（1：10,1：10）; d.double（）'而不是'Data（1：10,1：10）.double（）'或者甚至是'Data.double（）（1：10,1：10）' –

展平數據矩陣的DataMatrix

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