Matplotlib - Boxplot計算log10值，但以對數形式顯示

Question

我認爲這是一個簡單的問題，但我仍然無法想到一個簡單的解決方案。我有一組分子丰度的數據，其值範圍很多。我想用boxplots（box-and-whiskers plots）來表示這些丰度，並且我希望由於值範圍很廣而以對數標度計算框。 我知道我只能計算數據的log10並將其發送到matplotlib的boxplot，但這並不保留後面的圖表中的對數比例。

所以我的問題基本上是這樣的： 當我計算基於我的價值觀的日誌10箱線圖，我怎麼轉換的情節後來被對數標度，而不是線性與LOG10值顯示？ 我可以更改刻度標籤以部分解決此問題，但我不知道如何將對數刻度返回到繪圖。

或者還有另一種更直接的方式來繪製這個。一個不同的包可能已經包含這個選項了？

非常感謝您的幫助。

Answer 1

我建議不要在原始值上做boxplot，並將y軸設置爲對數，因爲boxplot函數並非設計用於處理跨越數量級的數據，而且您可能會得到太多離羣值（取決於您的數據， 當然）。

相反，我的建議是繪製數據的對數並手動調整y標籤。

這裏是一個非常粗糙的例子：

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 
from matplotlib.ticker import MultipleLocator, FormatStrFormatter 

np.random.seed(42) 

values = 10 ** np.random.uniform(-3, 3, size=100) 

fig = plt.figure(figsize=(9, 3)) 


ax = plt.subplot(1, 3, 1) 

ax.boxplot(np.log10(values)) 
ax.set_yticks(np.arange(-3, 4)) 
ax.set_yticklabels(10.0**np.arange(-3, 4)) 
ax.set_title('log') 

ax = plt.subplot(1, 3, 2) 

ax.boxplot(values) 
ax.set_yscale('log') 
ax.set_title('raw') 

ax = plt.subplot(1, 3, 3) 

ax.boxplot(values, whis=[5, 95]) 
ax.set_yscale('log') 
ax.set_title('5%') 

plt.show() 

右圖顯示的原始值的箱形圖。這會導致很多異常值，因爲最大晶須長度計算爲四分之一範圍（框高度）的倍數（默認值：1.5），其不跨越數量級進行縮放。

可選地，可以指定繪製晶須對於給定的百分值範圍： ax.boxplot(values, whis=[5, 95]) 在這種情況下你得到outlires固定量的（5％）的上方和下方。